تشهد الشركة المصرية للملاحة حالة من الغضب والاستياء بين العاملين بالشركة وذلك لمحاولات رئيس مجلس الإدارة المستمرة بتصفية اسطول الشركة بقيامه ببيع سفن الشركة واحدة تلو الأخري بعدما قام بتصفية أكثر من 70% من العاملين بالضغط عليهم للخروج معاش مبكر. الشركة المصرية للملاحة هي من أعرق وأقدم شركات الملاحة المصرية في مجال النقل البحري وهي الشركة الرائدة في مجال الملاحة البحرية في مصر لما قامت به من مساهمات في حرب 56 و73 وهي الشركة الوحيدة التي ترفع علم مصر. أكد عوض صابر عبدالهادي مدير مركز المعلومات بالشركة أنه منذ تم دمج الشركة مع الشركة الوطنية للملاحة وهي تقوم بتخطيط منظم للقضاء علي الشركة والاستحواذ علي خطوطها وهو ما تم بالفعل. حيث قامت ببيع أربع سفن من أصل 16 سفينة هي اسطول الشركة ولم تقم بشراء بديل وذلك للاستحواذ علي خطوط الشركة المصرية للملاحة. أضاف أيمن محمد علي محامي بالشئون القانونية للشركة أن عملية الدمج منذ حدثت وتقوم الشركة الوطنية ببيع ناقلات البترول والقمح والركاب للاستيلاء علي خطوط الشركة وتعاقداتها مما أهدر علي الشركة 300 مليون جنيه حيث وصلت خسائر الشركة 94 مليون جنيه لعام .2010 قال محمد ريحان مدير إدارة المراجعة إن سياسات مجلس الإدارة من تصفية الشركة ضاق بها العاملون وان لم تتراجع الشركة عن بيع السفينتين تحتمس وأخناتون سنعتصم بالشركة حتي يتم ايقاف البيع ويتم التحقيق في بيع الأربع سفن حيث تم بيعهم بسعر أقل من قيمتهم السوقية بكثير. أضاف محمد أبو شنب بالشئون القانونية للشركة قبل عملية الدمج كانت الشركة تحقق أرباحاً تصل الي 27 مليون جنيه عام 2005 ومنذ عملية الدمج والخسائر تتوالي عليها حيث تم تصفية 70% من العاملين وبيع أربع سفن من اسطول الشركة ويحاول مجلس الإدارة بيع سفينتين أخريين. من ناحية أخري حاول محمد محمود حسيبة أحد العاملين بالشركة الانتحار والتخلص من حياته بإلقاء نفسه من أعلي مقر الشركة بعدما يئس من محاولاته المتكررة ضم مدة خدمته قبل التعيين وتعنت الشركة ورفضها لطلبه.