التقى الدكتور الرئيس محمد مرسى على هامش مشاركته في القمة الأفريقية بأديس أبابا، الرئيس الكيني أوهورو كينياتا، حيث استهل الرئيس مرسي المقابلة بتهنئة الرئيس الكيني بتوليه منصبه، وأعرب الرئيس الكيني عن الشكر للرئيس مرسي على رسالة التهنئة التي وجهها سيادته إليه بعد إعلان نتيجة الانتخابات، وإيفاد رئيس مجلس الوزراء لحضور حفل التنصيب. وقد أكد الرئيسان عمق العلاقات التاريخية بين البلدين، كما استعرض الرئيس مرسي أوجه التعاون المُشترك بين البلدين في مُختلف المجالات، ومُقترحات التعاون في مجالات الزراعة، والتعدين، والموارد المائية والري. من ناحية أُخرى، أكد الرئيس مرسي حرص مصر على توحيد الصف بين دول حوض النيل، وتحقيق مبدأ المنفعة للجميع، ودعم جهود ومشروعات التنمية دون الإضرار بأيٍ من دول الحوض. كما ناقش الرئيسان تطورات الشأن الصومالي، حيث أوضح الرئيس مرسي حرص مصر على دعم السلام والاستقرار وجهود التنمية في الصومال، مُشيراً إلى القرار الذي اتخذته مصر بنقل السفارة المصرية إلى مقديشيو، موضحاً أننا بصدد تنفيذ هذا القرار بهدف تعزيز التواجد المصري، بالإضافة إلى الدعم المصري للصومال في مجالات التعليم، الصحة، والتنمية البشرية. وقد وجه الرئيس الكيني الدعوة للرئيس مرسي لزيارة كينيا، ووعد بزيارة القاهرة في أقرب فرصة. كما التقى مرسى الرئيس "سلفا كير ميارديت" رئيس جنوب السودان، حيث استهل الرئيس مرسي المقابلة بالتأكيد على حرص مصر على تعزيز علاقات التعاون بين مصر وجنوب السودان، والبناء على التواجد المصري الحالي بجنوب السودان في مجالات الكهرباء، الصحة، التعليم، والتنمية البشرية من ناحية أخرى شدد الرئيس مرسي على اعتزام مصر مواصلة التعاون في مجال المياه والري مع جنوب السودان، وأهمية الدور الجنوب سوداني في تعزيز التعاون بين دول الحوض مستقبلاً. كما رحب الرئيس مرسي بالتطورات الإيجابية الأخيرة بين السودان وجنوب السودان، خاصة بعد التوقيع على اتفاقيتي تصدير النفط والترتيبات الأمنية بين الخرطوم وجوبا في مارس 2013 بهدف تنفيذ الاتفاقات التي تم توقيعها بين البلدين في سبتمبر 2012 . وأكد مواصلة مصر دورها سواءً على المستوى الثنائي، أو من خلال عضويتها في مجلس السلم والأمن الأفريقي، لتعزيز علاقات السلام وجهود تسوية باقي القضايا العالقة بين الطرفين. كما استمع الرئيس إلى أخر تطورات المفاوضات بين الرئيسين البشير و"سلفا كير" حول القضايا العالقة، بما في ذلك منطقة أبيي. وقد أكد أهمية مواصلة لقاءات القمة بين الرئيسين "البشير وسلفا كير" وصولاً إلي التوافق المنشود حول هذه القضايا