عند وضع دستور 1923 حرص الملك فؤاد علي الاحتفاظ بحقه كاملا في مباشرة سلطته في شئون الأزهر.. وفي سنة 1926 بذلت في عهد الوزارة الائتلافية محاولات لاخضاع ميزانية الأزهر لرقابة البرلمان.. ولكن سعد باشا زغلول وكان وقتها رئيس المجلس النيابي أقنع اللجنة المالية بأن البرلمان لايتدخل في الشئون الدينية للأزهر ليتمتع بالاستقلالية طبقا للدستور. وفي شهر يونيو سنة 1928 عين الشيخ محمد مصطفي المراغي شيخا للأزهر والشيخ عبدالمجيد سليم مفتيا للديار المصرية. ورأي الشيخ المراغي أن يقوم ببعض المشروعات لاصلاح الأزهر إلا أن هذه المشروعات لم تجد قبولا لدي الملك فاستقال الشيخ المراغي وحل محله الشيخ الأحمدي الظواهري ثم الشيخ أبوالفضل الجيزاوي من بعده. ومع بداية عام 1935 اضطربت الاحوال في الأزهر واضطر الملك فؤاد إلي إعادة الشيخ المراغي الي منصبه وعندما تولي الملك فاروق عرش البلاد. كان الشيخ المراغي من أنصاره ومن المقربين اليه وخاصة عندما وقف الي جانبه لتجنيب مصر ويلات الحرب العالمية الثانية وهو صاحب العبارة المشهورة "إن الحرب لا ناقة لنا فيها ولا جملا" وكانت هذه العبارة قد أغضبت الانجليز وقدموا احتجاجا شديد اللهجة لدي رئيس الحكومة حسين سري باشا واعتبروا أن المراغي من خصومهم. وحدث بعد أن تولي مصطفي النحاس باشا رئاسة الوزارة في 4 فبراير 1942 أن قرر احتواء الأزهر باعتباره مؤسسة من مؤسسات الدولة واتخذ لذلك عدة إجراءات من بينها إنشاء إدارة للشئون الدينية بمجلس الوزراء وإنشاء "الاتحاد الأزهري" ليكون وثيق الصلة بسكرتارية الوفد. وكانت علاقة النحاس باشا بالشيخ المراغي ليست علي مايرام.. ولم يكن يريده شيخا للأزهر بل حاول اكثر من مرة إخراجه من المشيخة. ويروي حسن يوسف وكيل ديوان الملك في مذكراته "القصر" : حدث أن وافق يوم الجمعة 18 سبتمبر سنة 1942 "7 رمضان 1361 ه" العيد الألفي للأزهر حسب التقويم الهجري ونشطت إدارة الأزهر لوضع النظام الذي يجري عليه الاحتفال بهذا التراث العلمي الكبير واتخذت الاجراءات لاذاعة الحفل واصدار طابع بريد تذكاري لهذه المناسبة وكان مقررا أن يؤدي الملك صلاة الجمعة في الأزهر ثم يدعو العلماء وكبار الضيوف إلي مأدبة افطار في قصر عابدين.. وعند طبع بطاقات الدعوة حدث خلاف بين القصر والوزارة علي من الذين يوجه الدعوة هل تكون موجهه من رئيس الحكومة أو شيخ الأزهر وكان من رأي القصر أن الحفل يرأسه الملك وله صبغة علمية دينية فمن الطبيعي أن توجه الدعوة باسم شيخ الأزهر.. ورفض النحاس باشا وانتهي الأمر بالغاء الحفل ولم يتم الاحتفال بالعيد الألفي الهجري للأزهر.
