أثار قانون انتخاب شيخ الأزهر، الذى أقرته الحكومة فى اجتماعها الأخير، ردود فعل متباينة بين الرفض والقبول، خاصة مسألة الاقتراع السرى بين هيئة من العلماء، غير منتخبة تختار شيخ أكبر مؤسسة دينية فى مصر. ورفض الشيخ جمال قطب، رئيس لجنة الفتوى الأسبق بالأزهر، القانون بشكله الحالى، قائلاً: "هذا القانون من إعداد شيخ الأزهر الذى هو أحد أتباع الرئيس المخلوع مبارك، وتمت الموافقة عليه أيضًا فى ظل حكومة الجنزورى أحد أركان النظام السابق، وبه عوار تشريعى وعيوب كافية لكى يرفضه الجميع". وتساءل قطب: كيف يتم انتخاب شيخ الأزهر من أعضاء هيئة كبار العلماء فى الوقت الذى لم يتم فيه انتخاب هذه الهيئة؟ مؤكدًا أن الهيئة التى تنتخب وتشرع لابد أن تكون منتخبة. واعتبر أن القانون تضمن تزويرًا فاضحًا بشأن اختزال علماء الأزهر الشريف فى فئة واحدة وهى أساتذة الجامعات، على الرغم من وجود مئات الآلاف من علماء الأزهر فى المعاهد والوعظ، ولهم صوت وحق مثلما كان الأزهر فى أيام الصمود. فيما أبدى الدكتور عبد المعطى بيومى، عضو مجمع البحوث الإسلامية، تأييده لانتخاب شيخ الأزهر بالاقتراع السرى بين العلماء، مشيرًا إلى أن ذلك أفضل من تعيينه من قبل رئيس الجمهورية، الذى قد لا يبنى على الكفاءة. ورأى بيومى أن العلماء سيكون لديهم القدرة على أن يختاروا من بينهم من يثقون فيه ومن هو أكفأ علميًا وخلقيًا. وقال الدكتور فتحى عثمان الفقى، عضو مجمع البحوث الإسلامية، إن انتخاب شيخ الأزهر سيجعله مستقلاً، ويشعر أن لا أحدًا له فضل عليه، وبالتالى سيكون حرًا فى اتخاذ قرارته، ورأى أن هذا القانون يعطى الفرصة لاختيار الأفضل والأكفأ من العلماء المؤهلين لمثل هذا المنصب. من جهته، نفى الشيخ محمد أبو بكر جاد، المتحدث باسم ائتلاف دعاة الأزهر، صحة ما تردد عن حصول شيخ الأزهر على موافقة مجلس الوزراء على قانونه، وقال إن القانونيين الذين أعدهما ائتلاف الدعاة ومجمع البحوث، حصلا على موافقة الوزراء، بعرضهما على مجلس الشعب المقبل، لمناقشتهما، لافتًا إلى أن قانون مجمع البحوث تمت إعادته إلى مشيخة الأزهر، فقامت لجنة تعديل القانون بتعديل المادة الخامسة، التى كانت تنص على أنه عند خلو منصب شيخ الأزهر، يتم انتخاب غيره من هيئة كبار العلماء وهو ما يعنى أنه سيظل فى منصبه حتى وفاته، وتم تعديل القانون بأن شيخ الأزهر الحالى سيمكث فى منصبه ثمانى سنوات، ورجع مرة أخرى إلى مجلس الوزراء، ولم تتم الموافقة عليه، وإنما أحيل هو وقانون الائتلاف إلى مجلس الشعب. ورفض ائتلاف دعاة الأزهر ، فى مؤتمر علماء الثورة، المنعقد برعاية جبهة علماء الأزهر وائتلاف الدعاة، أن يظل شيخ الأزهر فى منصبه حتى سن الثمانين، ثم يعود للعمل بهيئة كبار العلماء، وهو ما يعنى مكوث شيخ الأزهر فى العمل بالمؤسسة الدينية، حتى وفاته إلى جانب إلغاء تعيين مدرسى القرآن الكريم، الذى هو عمود العلوم بالأزهر الشريف، الذى كان يهتم به شيخ الأزهر السابق اهتمامًا كبيرًا، وكانت له جملة شهيرة يرددها رحمه الله "ليس أزهريًا من لم يحفظ القرآن". واعتبر أن قانون الأزهر المعدل جاء لخدمة أشخاص بعينهم، ولمنح الحصانة لأشخاص بذاتهم لمدة أربعة عشر عامًا، حيث إن هذا القانون لا يرضى طموح الأزهريين بل طموح من ضيعوا الأزهر، وأن هناك شلة تلتف حول شيخ الأزهر وتحجب عنه الرؤية تمامًا، ويحاولون فصله عن الواقع وعن أبناءه.
