دعا سعد الدين إبراهيم، أستاذ علم الاجتماع السياسي ومدير مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية إلى المصالحة بين السلطة الحالية وجماعة الإخوان المسلمين، مبررا ذلك بأنه "ليس من المعقول أن يعادي النظام الحالي قرابة 3 مليون مصري، وحتى تمضي مصر في طريقها إلى الأمام بدلا من الانشغال في صراعات جانبية" حسب قوله. وطالب إبراهيم فى تصريحات صحفية ، الرئيس عبد الفتاح السيسي، بأن يكون له في رسول الله أسوة حسنة حين دخل مكة منتصرا وعفا عن قريش رغم ما فعلته به، قائلا: "اذهبوا فأنتم الطلقاء، وكذلك ما فعله نيسلون مانديلا، رئيس جنوب أفريقيا الأسبق، حين عفى عن من سجنوه 27 عاما، في فترة التمييز العنصري، كما طالب بالعفو عن أحكام الإعدام على قيادات وأعضاء الإخوان وإلغاء هذه العقوبة تماما. وأوضح مدير مركز بن خلدون أن سبب عدم ارتياح السيسي للإخوان اعتقاده بأنهم يحملون أجندة ضده وضد القوى الوطنية واستقرار البلاد، مشددا على أنه على الرئيس استيعاب جماعة الإخوان وإعادة تأهيلها وعودتها للحياة السياسة مرة أخرى. وأكد أستاذ الاجتماع السياسي أن قطاعا كبيرا من الإخوان المسلمين يقبل بالمصالحة، "لأنهم أدركوا أن الأخطاء التي ارتكبتها قيادتهم أخرتهم وأحدثت نكسة كبيرة في حركتهم، وأن سبب انضمام بعض الشباب ل " داعش " هو شعورهم بالسخط من النظام لتسلطه عليهم أو ظلمهم أو عدم انصافهم".