قررت محكمة القضاء الإدارى وقف جميع القضايا التى تطالب بوقف إحالة المدنيين إلى القضاء العسكرى، لحين إصدار المحكمة الدستورية العليا حكما فى الدعوى المقامة أمامها منذ عدة أيام و التى طالبت بالفصل فى مدى دستورية المادة 48 من قانون القضاء العسكرى رقم 521 لسنة 1966. وكانت محكمة القضاء الإدارى قد تلقت فى الأيام الأخيرة العديد من القضايا التى طالبت بإلغاء قرار إحالة المدنيين للقضاء العسكرى لأن هذا القرار مخالف لنصوص المادة 48 من قانون القضاء العسكرى التى أكدت على أن السلطات القضائية العسكرية هى وحدها التى تقرر ما إذا كان الجرم داخلا اختصاصها أم لا . وأكدت الدعاوى أن هذا النص يمثل أمرًا خطيرا على حق المواطنين فى اللجوء إلى قاضيهم الطبيعى ويجعل القضاء العسكرى حكما وخصما فى آن واحد بالإضافة إلى مخالفته للدستور المصرى الذى أعطى للمواطن المصرى الحق فى اللجوء إلى قاضيه الطبيعى وإذا كان الدستور معطل حاليا فإن هذا لا يكون مبررا لعدم وقوف المواطنين أمام قاضيهم الطبيعى بالإضافة إلى مخالفه القرار للدساتير والمواثيق الدولية الصادرة لحماية الحريات. كان محامو المركز المصرى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية قد تقدموا بدعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة دفعوا فيها بعدم دستورية المادة 48 من قانون القضاء العسكرى رقم 125 لسنة 1966 وتعديلاته، لكونها تفتح الباب على مصراعيه لمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكرى دون أى معايير أو ضوابط تحمى حقوق وحريات المدنيين فى المحاكمة أمام قاضيهم الطبيعى. واستند دفاع المركز المصرى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية إلى أن المادة 48 من قانون القضاء العسكرى تجعل السلطات القضائية العسكرية وحدها هى التى تقرر ما إذا كان الجرم داخلا فى اختصاصها أم لا. وأكد أن هذه المادة تخالف نصوص المواد 167، 183 من دستور 1971 والمواد 21، 46، 47، 48، 49، 50، 51 من الإعلان الدستورى الصادر فى 30 مارس 2011 والتى تحيل للمشرع إنشاء الهيئات القضائية وتحديد اختصاصاتها بقانون ولا يجوز للمشرع أن يتنازل عن هذا الحق ويمنحه للمحاكم العسكرية لتحدد بنفسها ما يدخل فى نطاق اختصاصه وما يخرج عنه لكون ذلك يمثل افتئاتا على الحقوق الدستورية للمواطنين وضمانات المحاكمة العادلة والمنصفة. وذكر المركز أنه أقام الطعن 33151 لسنة 56 قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى للطعن على محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكرى فى القضية 244 لسنة 2011 جنايات عسكرية شرق، والتى صدر فيها الحكم بجلسة 12 مارس 2011 بحبس 28 من الشباب والمتظاهرين الذين قاموا بتظاهرات خلال الفترة من 3 مارس حتى 9 مارس 2011. ومن أشهر الذين أقاموا هذه الدعاوى أسماء محفوظ الناشطة ب 6 إبريل والتى أقامت دعوى أمام القضاء الإدارى ضد إحالتها للمحكمة العسكرية فى القضية 55 لسنه 2011 بتهمة سب هيئة نظامية وهى المجلس العسكرى إلا أن المجلس العسكرى أصدر بحقها قرارًا بالعفو.