قالت منظمة حقوقية مصرية إن الجامعات شهدت 1552 حالة انتهاك خلال العام الدراسي 2014 -2015. وبحسب تقرير مؤسسة "حرية الفكر والتعبير" (غير حكومية)، الذي حمل عنوان "الجامعة تحت الحصار"، فإن الجامعات المصرية شهدت 1552 حالة انتهاك، تضمنت 3 حالات قتل، والقبض على 761 طالبًا خلال العام، ومعاقبة 523 طالبًا بجزاء تأديبي أصدرته إدارات الجامعات ضد الطلاب دون المثول لمجالس تأديبية عادلة ومنصفة. وأشار التقرير الذي صدر، اليوم الربعاء، وحصلت الأناضول على نسخة منه، إلى إحالة 89 طالبًا وطالبة للقضاء العسكري خلال العام، لافتًا إلى أنه "طبقًا لقانون حماية المنشآت فإن السلطة حولت الجامعات إلى منشأة عسكرية وأطاحت بحق الطلاب في المثول أمام قاضيهم الطبيعي وبالتالي ضمانات المحاكمة العادلة". ونهاية أكتوبر/ تشرين أول الماضي، أصدر المصري "عبدالفتاح السيسي" قانونًا اعتبر بموجبه المنشآت العامة (ومن ضمنها الجامعات) في حكم المنشآت العسكرية، والاعتداء عليها يستوجب إحالة المدنيين إلى النيابة العسكرية. ورصد التقرير 176 انتهاكًا تنوع بين "اقتحام جامعات، وإتلاف ممتلكات، واحتجاز إداري، وتعدي بالضرب، وفض تظاهرات، ومنع فعاليات سياسية، ومنع دخول الجامعة وتهديد إداري". وتناول تقرير المنظمة "نماذج لحالات انتهاك الحرية الأكاديمية شملت تدخل إدارات الجامعات ووزارة التعليم العالي في عمل أعضاء هيئة التدريس والباحثين الأكاديميين، بالإضافة للقيود المفروضة على حرية البحث والنقاش والتدريس، والتي تؤثر بالسلب على التعليم والبحث العلمي". وذكر التقرير نماذج لانتهاك الحرية الأكاديمية تتمثل في "منع باحث بجامعة الأزهر من الحصول على الدكتوراه، وتعديل عناوين بعض الرسائل العلمية لمجموعة باحثين بجامعة الأزهر، ووقف أستاذ بجامعة المنصورة وآخر بجامعة القاهرة". ومؤسسة "حرية الفكر والتعبير" أسسها مجموعة من المحامين والباحثين عام 2006 ، وتتخذ من الدستور المصري والإعلان العالمي والمعاهدات الدولية مرجعية لها، وتهتم بالقضايا المتعلقة بتعزيز وحماية حرية الفكر والتعبير في مصر، وتركز في عملها على الأبحاث والرصد والتوثيق والدعم القانوني وتتخذ من العاصمة المصرية مقرًا لها.