رفض الدكتور علي جمعة قرار منظمة الأممالمتحدة للتربية والعلوم والثقافة ( اليونسكو ) اعتبار القدس عاصمة لإسرائيل بشدة واعتبر القرار فيه انحياز تام للاحتلال على حساب حقوق الشعب الفلسطيني المنتهكة وفيه مخالفة صريحة لقرارات الشرعية الدولية والأممالمتحدة التي تعتبر القدس أرضا عربية محتلة وأضاف فضيلته أن اليونسكو بهذا القرار الجائر تسقط مصداقيتها أمام العالم الحر ودعا فضيلته المنظمة للتراجع الفوري عن قرارها وإعادة الأمور إلى نصابها الحقيقي والالتزام بالموضوعية وبالقرارات الدولية والأممية الصادرة عن الأممالمتحدة في هذا الشأن . وأضاف مفتي الجمهورية أن قرار اليونسكو يجب أن يجابه بحملة دبلوماسية وإعلامية من قِبَل منظمة المؤتمر الإسلامي والجامعة العربية ولجنة القدس وكل المؤسسات القانونية والإنسانية لممارسة الضغط على اليونسكو لإزالة هذا التعدي الواضح على حقوق الشعب الفلسطيني وعلى مدينة القدس التي تكتسب أهمية كبرى لمليار ونصف مسلم . وشدد مفتي الجمهورية أن مثل هذه القرارات الجائرة ينسف جهود السلام ويشجع الاحتلال على استكمال عمليات التهويد بالمدينة وإعطاء المحتل عطاء من خلال اعتبار المدينة عاصمة لها مما يشجع الاحتلال على جرائمه ضد الحضارة والتراث والثقافة الفلسطينية ودعا مفتي الجمهورية كل قوى السلام في العالم الضغط على اليونسكو من أجل التراجع الفوري عن هذا القرار الجائر .