أصدرت مؤسسة حرية الفكر والتعبير تقريرها الأسبوعى يرصد ويوثق لانتهاكات الجامعات سواء كانت من قبل قوات الأمن أو أفراد وحدات الأمن الإداري أو أفراد شركة "فالكون" للتأمين والحراسة، كذلك الانتهاكات الإدارية المتعلقة بقرارات من إدارات الجامعات والكليات للتضييق على الأنشطة الطلابية أو تتعلق بتحويل الطلاب للتحقيق وما يتبعه من إجراءات تأديبية على خلفية ممارسة نشاط سياسي بالجامعة، كما يحاول التقرير ألا يغفل أي اعتداءات يمارسها طلاب محتجين سواء على الأفراد أو المنشآت. وأعلنت المؤسسة خلال تقريرها عن رصدها لإلقاء قوات الأمن القبض على 186 طالبًا من 19 جامعة حكومية وبعض الجامعات الخاصة والمعاهد خلال 6 أيام من عمر الفصل الدراسي الجديد، كما اقتحمت قوات الشرطة 6 جامعات؛ الأزهر (مرتين)، والقاهرة، والسادات، والزقازيق، فرع جامعة الأزهر بتفهنا الأشراف، بينما كان الاقتحام الأكثر عنفًا بجامعة الإسكندرية. كما قام الأمن الإداري بالاعتداء على أنشطة طلابية في جامعات القاهرة، الإسكندرية، حلوان، كفر الشيخ، المنوفية، الزقازيق، الأزهر، كلية الدراسات الإسلامية بكفر الشيخ. وقام طلاب، في الأغلب ينتمون لحركة “طلاب ضد الانقلاب”، بإحراق و تحطيم البوابات الإلكترونية التي وضعتها شركة “فالكون” على بوابات جامعات الأزهر، القاهرةوالإسكندرية. وأوضح التقرير أن أكثر من 200 طالب تم إلقاء القبض عليهم لا يزال محبوسًا منهم 186 طالبًا، كما جاء القبض على الطلاب من "المنزل" في حملات ليلية استمرت لليومين الأولين من الدراسة، وكذلك من محيط الجامعات التي شهدت اشتباكات بين الطلاب من ناحية وقوات الشرطة من ناحية أخرى. كما رصد التقرير اعتداءات الأمن الإدارى على الطلاب حيث اشتبك الأمن الإداري بجامعة حلوان مع مسيرة لحركة "طلاب ضد الانقلاب"، الاثنين 13 أكتوبر، للمطالبة بالإفراج عن الطلاب المعتقلين، بالشوم والحجارة، وتوقفت الاشتباكات بعد وقت قصير من بدايتها واستمرت مسيرة الطلاب، وفي جامعة المنوفية، اشتبك الأمن الإداري بكلية الهندسة مع مسيرة لحركة "طلاب ضد الانقلاب"، الاثنين 13 أكتوبر، ومنع الأمن الإداري بكلية دار العلوم بجامعة القاهرة طلاب جماعة الإخوان المسلمين من تنظيم مظاهرة كانوا قد دعوا لها، الثلاثاء 14 أكتوبر، للمطالبة بالإفراج عن الطلاب المعتقلين وعودة المفصولين. وكشف التقرير عن تهديد الأمن الإداري بجامعة الأزهر فرع البنات تظاهرات حركة طالبات ضد الانقلاب بتبليغ الشرطة عن المظاهرة إذا لم ينهوها مما دفعهم لإلغاء الفعالية منع أفراد الأمن الإداري بجامعة القاهرة، الخميس 16 أكتوبر، مجموعة من طلاب الإخوان بجامعتي الأزهر و حلوان، من الدخول إلى جامعة القاهرة للمشاركة في التظاهرات التي دعت لها حركة "طلاب ضد الانقلاب". وبشأن الانتهاكات الإدارية بالجامعات رصد تقرير مؤسسة حرية الفكر والتعبير إصدار إدارة جامعة قناة السويس قرارا السبت 11 أكتوبر بإلغاء الوقت المحدد لفترة النشاط الطلابى بكلية هندسة البترول و التعدين، والذي كان محددا له فترة تزيد على الساعة والنصف يوم الاثنين من كل أسبوع، ليقتصر اليوم الدراسي على المحاضرات فقط، كما أصدرت إدارة كلية الزراعة بجامعة المنوفية، الأحد 12 أكتوبر، قرارًا بفصل خمسة طلاب من أعضاء حركة. "طلاب ضد الانقلاب" بالكلية، وهم الطلاب "أحمد السيد، مصطفى موسى، أحمد عبد الحميد، محمد سعد، محمد فوزي" من أول أيام العام الدراسي الجديد، وذلك نتيجة لتحقيق أجري مع الطلاب في العام الدراسي الماضي، فيما أكد مجلس جامعة كفر الشيخ برئاسة الدكتور ماجد القمري، رئيس الجامعة، في اجتماعه الذي عقد الاثنين 13 أكتوبر، على منع العمل السياسي بالجامعة.