اقترح المجلس القومي لحقوق الإنسان، تشكيل لجنة لبحث مستقبل النظام الانتخابي في مصر لمناقشة مجموعة من المقترحات؛ أبرزها أن يضمن النظام الانتخابي تمثيلاً جغرافيًا حقيقيًا لجميع محافظات مصر، وتمثيل مختلف فئات المجتمع، على أن يكون التصويت وفق قاعدة الرقم القومي. وطالب المجلس في توصيات مؤتمر "النظم الانتخابية المختلفة" بتطبيق نظام الدوائر المفتوح دون التقييد بلجنة واحدة للناخب أو محددة سلفًا، بحيث يتسنى التصويت داخل أي لجنة بالدائرة، مع الأخذ بالإجراءات الإلكترونية في عملية التصويت، بحيث تتوافر أجهزة قراءة وممغنطة لبطاقات الرقم القومي من حيث قيد المواطن في الدائرة، وكذلك قيامه بالتصويت الفعلي في هذه اللجنة أو تلك. واقترح تقسيم جمهورية مصر العربية إلى ستة وعشرين دائرة انتخابية، على أن تعتبر كل محافظة دائرة انتخابية واحدة، ويكون عدد الأعضاء الممثلين لكل دائرة مساويًا لعدد الدوائر الانتخابية بالمحافظة، ويتم انتخاب هؤلاء الأعضاء وفق نظام الانتخاب بالقوائم المصحوب بالتمثيل النسبي. وشدد المؤتمر الذي ترأسه محمد فائق نائب رئيس المجلس على ضرورة إتاحة الفرصة للمصريين في الخارج لاستخراج الرقم القومي للذين لازالوا يحتفظون بالجنسية المصرية، لتمكينهم من المشاركة بالتصويت في الانتخابات القادمة (رئاسية / برلمانية /محليات)، على أن ينص في قانون مباشرة الحقوق السياسية على ذلك. وطالب المجلس بالإشراف القضائي الكامل على الانتخابات، بدءا من إعداد الجداول الانتخابية وانتهاء بإعلان النتائج، وأن ينحصر اختيار القضاة الذين يعهد إليهم بالإشراف على عمليات الاقتراع على قضاة المنصة دون غيرهم، مع توسيع الصلاحيات الممنوحة للقضاة المشرفين على اللجان الانتخابية لتشمل ما يقع خارجها، مع منحهم سلطة وقف عملية التصويت، حال ثبوت وقوع حالات منع للناخبين من التصويت، وسرعة التصرف لإيقافها. وأوصى المجلس بإصدار تشريع ينظم أعمال المراقبة لمنظمات المجتمع المدني الوطنية والدولية على الانتخابات، بما يضمن تمكين تلك المنظمات من المراقبة داخل وخارج اللجان، مع ضرورة أن تكون عملية الفرز علانية وتمكين المرشحين ووكلائهم والمنظمات من حضور فرز كل صندوق على أن يتم الفرز بالمقر الانتخابي، وتسليم نسخة من كشف فرز كل صندوق إلى المرشحين ووكلائهم . كما طالب بالسماح بالرقابة الدولية على الانتخابات البرلمانية، وأن يتم دعوة المنظمات الدولية المعنية بذلك زيارة مصر قبل إجرائها بوقت كاف، حتى يتم الاستعداد لهذه العملية التي سوف تسهم في توفير ضمانات حقيقية لنزاهة الانتخابات وأيضًا حتى تكون بمثابة نموذج يحتذى تقدمه الثورة المصرية للعالم، وإعمالاً للمواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان، وكسرًا لمقولات النظام القديم، باعتبار الرقابة الدولية انتهاك للسيادة الوطنية، في حين أن جميع دول العالم والديمقراطيات الناشئة تأخذ بمبدأ الرقابة الدولية، على حد قوله.
