انتقد حزب البديل الحضاري بشدة إحالة الرئيس المعزول محمد مرسي لمحكمة الجنايات بتهمة التخابر مع حركة حماس, ووصفها بالأمر المحزن. وقال أحمد عبد الجواد وكيل مؤسسي الحزب في بيان له : "هذه نقطة سوداء في تاريخ مصر وعلي جبينها، وتهدف لتشويه المقاومة الفلسطينية والعربية، وتعتبر انتصارا للكيان الصهيوني والمخطط الأمريكي". وتابع "هل كان عبد الناصر والسادات ومبارك وعمر سليمان والآن السيسي بحديثهم مع الدول الأخرى جواسيس يتخابرون ضد الدولة المصرية؟". واتهم عبد الجواد "السيسي وجبهة الإنقاذ بتهمة التخابر مع دول أجنبية، وهي الكيان الصهيوني، والولايات المتحدة، والإمارات، والسعودية، والكويت". وكان النائب العام المستشار هشام بركات قرر في 18 ديسمبر إحالة مرسي و35 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين إلى محكمة الجنايات بتهمة "التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد بغية ارتكاب أعمال إرهابية". وأفادت وكالة أنباء الشرق الأوسط الرسمية بأن النائب العام أحال إلى جانب مرسي كلا من المرشد العام للإخوان المسلمين محمد بديع ونائبيه خيرت الشاطر ومحمود عزت وقياديين آخرين. وأوضح بيان صادر عن مكتب النائب العام أن التحقيقات في القضية كشفت أن التنظيم الدولي لجماعة الإخوان المسلمين، قام بتنفيذ "أعمال عنف إرهابية" داخل مصر لإشاعة الفوضى العارمة بها، وأعد مخططا "إرهابيا" كان من ضمن بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية، وهي حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله اللبناني، و"تنظيمات تكفيرية متطرفة أخرى". وتابع البيان أن المحالين متهمون كذلك بإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية, ومن يعملون لمصلحتها. كما اتهم البيان قيادات الإخوان بارتكاب أفعال تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها.