هاجم الأزهر فتوى الشيخ يوسف القرضاوي، عضو هيئة كبار العلماء بالأزهر، ورئيس "الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين" بوجوب "تأييد" الرئيس المعزول محمد مرسي، والتي انتقد فيها مشاركة الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، في وضع "خارطة الطريق" للمرحلة الانتقالية. ووصف الدكتور محمد مهنا، المشرف العام على المركز الإعلامي بالأزهر، فتوى القرضاوي التي دعا فيها الفريق أول عبدالفتاح السيسي، القائد العام للقوات المسلحة "ومن معه" إلى "الانسحاب حفاظا على الشرعية والديمقراطية"، بأنها "فيها تعسُّف في الحكم، ومجازفة في النَّظَر"، واعتبر أنها "تعكس فقط رأي من يؤيدهم، وأكثر ما كان وما زال تقاتُل الناس حول الحكم والسياسة باسم الدين". ودافع مهنا في بيانه عن مشاركة شيخ الأزهر في الاجتماع الذي أعلن خلاله القرار بعزل الرئيس، قائلاً إنه "لم يكن ليتخلف عن دعوة دُعِي لها كل القوى الوطنية والرموز السياسية والدينيَّة بما فيها حزب الحرية والعدالة نفسه في لحظة تاريخية بلغت فيها القلوب الحناجر، وفي موقف وطني يُعَدُّ فيه التخلُّف خيانة للواجب المفروض بحكم المسؤولية، وذلك استجابةً لصوت الشعب الذي عبَّر عن نفسه بهذه الصورة السلمية الحضارية، والتي لم تفترق عن الخامس والعشرين من يناير في شيء". وقال إن شيخ الأزهر الذي أصدر فتوى بجواز التظاهر السلمي ضد الرئيس عشية مظاهرات 30 يونيه "أكبرُ من أن يقفَ مع طائفةٍ ضد طائفةٍ، والجميع يعلم كم سعى وكم جاهد للحَيْلولة دون الوصول إلى هذه النُّقطة الحرجة التي لطالما حذَّر منها، ولم يعبأ بها أحد". وتابع: "يجب أن يُسأل عنها كل مَن أوصل البلاد إلى هذه الحافَّة، وليراجع كل من لا يعلم البيانات الأخيرة التي صدَرت في هذه الفترة ليتبيَّن له ذلك، فضلاً عن المساعي والمواقف التي يعلمها الله ويعلمها مَن عاهدوا تلك المساعي من الشرفاء من رموز الأمَّة". وأشار إلى أن موقف شيخ الأزهر الذي أعلن اعتكافه في بيته عقب مذبحة الحرس الجمهوري "إنما كان ولا زال نابعًا من ثوابت الأزهر الوطنية، التي تعد من مقاصد الشريعة، ومعرفته العميقة الثاقبة للنصوص الشرعية بإنزالها على حُكم الواقع لا بعزلها عنه، مع ضمان المحافظة على الثوابت والقواعد، فالعارف هو العارف بزمانه، وليس العارف هو الذي يميز بين الخير والشر، إنما العارف هو الذي يميز بين أي الخيرين شر، وأي الشرين خير". وقال إن "ما ورد بعد ذلك في هذه الفتوى من ألفاظ وعبارات وغمز ولمز لا تنبئ إلا عن إمعان في الفتنة، وتوزيع لمراسم الإساءات على رُبوع الأمة وممثِّليها ورموزها، فإن الأزهر الشريف يعفُّ عن الرد عليها أو التعليق؛ {قُلْ كُلٌّ يَعْمَلُ عَلَى شَاكِلَتِهِ فَرَبُّكُمْ أَعْلَمُ بِمَنْ هُوَ أَهْدَى سَبِيلًا} [الإسراء: 84]".
