يكتنف الغموض مصير الرئيس محمد مرسى، الذي أصدر الفريق أول عبد الفتاح السيسي القائد العام للقوات المسلحة، وزير الدفاع "خارطة طريق" تتضمن عزله من منصبه وتكليف المستشار عدلي منصور رئيس المحكمة الدستورية العليا تولي رئاسة البلاد بشكل مؤقت. ففيما تحدث مصادر عن خضوعه لحماية الحرس الجمهورى وعدم تسليمه للجيش قالت أخرى، قالت مصادر أخرى إن الرئيس المعزول يقيم حاليًا فى إحدى استراحات الجيش قبل تحديد مصيره. وأفادت المصادر، أن هناك من تحدث عن نقل الرئيس لإحدى استراحات المخابرات الحربية حيث التقاه عدد من رموز القوات المسلحة وطالبوه بإعلان تنحيه من منصبه وهو ما رفضه مرسى بشكل صارم. ونقلت وكالة الصحافة الفرنسية عن مسئول عسكري رفيع المستوى، أن الجيش المصري يحتجز محمد مرسي وهو ما أعلنه في وقت سابق مسئول من "الإخوان المسلمين". وقال جهاد الحداد المتحدث باسم جماعة "الإخوان المسلمين"، فى مداخلة هاتفية مع قناة "سى إن إن " الأمريكية، إن مرسى محتجز بمفرده بوزارة الدفاع ومعه فقط الحرس الجمهوري وطاقم حراسته. وقال الدكتور طارق فهمى الخبير بالمركز القومى لدراسات الشرق الأوسط، إنه تم التحفظ على الرئيس المعزول فى مكان آمن حتى تستقر الأوضاع وتحسم هذه السلطات مصير الرئيس سواء بتقديمه للمحاكمة أو تحديد إقامته فى ضوء المصالحة الوطنية. وأوضح أن مصير الرئيس مرسى سيتحدد حسب تطورات الأوضاع فى البلاد والموقف الدولى، لاسيما أن هناك تسريبات من واشنطن تعتبر أن ما حدث فى مصر هو انقلاب عسكرى وبالتالى ينبغى إعادة النظر فى المعونات، مشددًا على أن التعامل معه سيتحدد وفق هذه المعطيات. إلى ذلك، أصدر المستشار ثروت حماد مستشار التحقيق المنتدب من وزير العدل للتحقيق في وقائع الإساءة للسلطة القضائية ورجالها قرارًا بإدراج اسم الرئيس المعزول و8 آخرين معظمهم من قيادات جماعة "الإخوان المسلمين" من السفر ووضع أسمائهم على قوائم المنع من مغادرة البلاد وترقب الوصول على أن يبدأ التحقيق معهم اعتبارا من الاثنين القادم في قضية اتهامهم بسب وإهانة السلطة القضائية ورجالها. والمتهمون في القضية هم كل من: الرئيس السابق محمد مرسي, ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق ومحمد البلتاجي عضو مجلس الشعب السابقومحمد مهدي عاكف المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين السابق, وصبحي صالح عضو مجلس الشورى, ومحمد جمال جبريل عضو مجلس الشورى, وطاهر عبدالمحسن أحمد سليمان وكيل اللجنة التشريعية بمجلس الشورى, وعصام سلطان عضو مجلس الشعب السابق, ومحمد محمد علي حامد وشهرته محمد العمدة عضو مجلس الشعب السابق.
