أرجعت قيادات إخوانية منشقة، مظاهرات تطهير القضاء، إلى خلافات بين الرئيس وبين الإخوان، حول إقالة وزير العدل وإصدار تشريع السلطة القضائية، حيث يرفض الرئيس إقالة مكي وإصدار هذا القانون، وهو ما دفع الإخوان للنزول في الميادين للضغط على الرئيس من أجل إقرار طلباتهم، فيما رأى آخرون أن ما حدث هو مسرحية هزلية ونوع من تقسيم الأدوار بين الرئاسة والجماعة. وكشف حسن البشبيشي، القيادي المنشق عن الإخوان، والعضو الحالي للمكتب السياسي لحزب مصر القوية، عن أن تظاهرات تطهير القضاء التي قامت بها جماعة الإخوان المسلمين كان سببها الرئيسي وجود خلافات بين الإخوان وبين الرئيس محمد مرسي الذي بدأ يتحرر من قبضة الإخوان المسلمين. وقال: "تحليلي للأحداث أن الرئيس مرسى لم يستجب بالسرعة المطلوبة للتعليمات القادمة من "السرداب"، فتم إخراج هذه المظاهرات للضغط عليه لأنه أصبح له رأى يعترض فيه على الإخوان". وقال: "لو افترضنا الإفراط في التفاؤل فأتوقع أن الرئيس أراد أن يخرج المشهد بصورة أفضل، فتحرك السرداب ليفرض إرادته، وخرج إلى المظاهرات هذه المرة أناس لا يعرفون هم مع أو ضد الرئيس". وقال هيثم أبو خليل، الناشط المنشق عن جماعة الإخوان المسلمين، إن مظاهرات تطهير القضاء نوع من تقسيم الأدوار المتفق عليها من قبل الجماعة والرئيس محمد مرسي، معتبرًا ما حدث مسرحية هزلية من جانب الطرفين لتمرير قانون السلطة القضائية وذبح آلاف القضاء، مشيرًا إلى أن الدين حرم الخمر على ثلاث مراحل ولا يمكن أن تتم عملية التطهير في خطوة واحدة. وأوضح أبو خليل أنه ليس عيبًا أن تتم عملية الأخونة فالرئيس الأمريكي أوباما يستعين بالأغلبية من حزبه، ولكن العيب ألا تمتلك جماعة الإخوان المسلمين الكفاءات التي تشغل هذه الأماكن، مشيرًا إلى أن عملية التطهير للقضاء تجب أن تكون بتحريك البلاغات والمحاضر ويحتاج إلى آلية ونظام تدريجي وليس بهذا المشهد العبثي -على حد قوله- لافتًا إلى أن وزير العدل أحمد مكي لم يثبت كفاءته ولم يقدم جديدًا وإقالته تأخرت كثيرًا. وعن وجود خلاف بين جماعة الإخوان المسلمين والرئيس مرسي مؤخرًا، قال أبو خليل إنهما "سمن على عسل" والخلافات شكلية ومسرحية هزلية الكل يعرفها، وما بينهما مدروس وتقسيم أدوار في الشارع المصري وفي قصر الاتحادية.
