قال الشيخ محمد القاضي، القيادي بالدعوة السلفية، إن الانشقاق والانقسام بين التيارات الإسلامية من شأنه أن يضعف ويوهن التيار الإسلامي عامة ويؤثر على مشروعه ومدى قابلية الناس له، مطالبًا بعدم الفرح مثل البعض بتوسيع دائرة الخلاف والانقسام. كما طالب القاضي بمحاولة تضييق هوة الخلاف بين أكبر فصيلين سياسيين إسلاميين بطريقة ضمنية، من خلال تصويب المصيب وإبراز الخطأ للمخطئ. وعن الأزمة المثارة حاليًا بين رئاسة الجمهورية والدكتور خالد علم الدين قال القاضي: "هذا يدل على خلل إداري وعدم توفيق في اتخاذ القرار من قبل إدارة الرئيس، مشيرًا إلى أنه لو أن هناك مشكلات على شخصية ما في أعضاء فريقه الرئاسي فيما يتعلق باستغلال النفوذ أو المنصب، فهذا الكلام يخضع أولاً للتيقن والتحقيق ومن ثم اتخاذ القرار". وأوضح القاضي أن عدم التحقق من الأمر وإصدار قرار الإقالة مثلما حدث أمر محزن للتيار الإسلامي كله، مشيرًا إلى أن الجميع يعرف قدرات علم الدين، وأن الطريقة التي أقيل بها مهينة لرجل ينتمي لتيار كبير، منتقدًا طريقة إدارة الرئيس بأنها تفتقد للموضوعية في التعامل مع تلك القضية. وأضاف القاضي خلال برنامج "شريعتنا غايتنا" الذي يقدمه على قناة نور الحكمة إن علم الدين أرغم على منصب مستشار الرئيس، وهو منصب شرفي، ومع ذلك قبل الإعانة وأخذ الأمور بجدية، وقد حاول مقابلة الرئيس لمدة 3 أشهر ولم ينجح حتى إن اجتماعاته أصبحت مع نائب الرئيس ثم سكرتير الرئيس وبعدها مع منسق الرئيس، وهي أمور تدل على التخبط وعدم الضبط الإداري، مشيرًا إلى أن الفريق الرئاسي عليه أن يكون متريث ومتيقن ويقوم بأداء العمل المناسب للشخصية المناسبة، موضحًا أن الأمر الخاص بعلم الدين صعب جدًا حيث أن له قريب معين في مكان ما. وقال القيادي بالدعوة السلفية إن "المتهم بريء حتى تثبت إدانته" وأن ما حدث إهانة هدفها إضعاف تيار كبير وامتهانه وهذا ليس في قدرة أحد لأن التيار السلفي وحزب النور والدعوة السلفية متجزر في المجتمع المصري. وطالب القاضي الرئيس محمد مرسي بأن يحافظ على النظام الإداري ولا يتخبط تخبطًا عشوائيًا يؤدي لزعزعة الثقة في تلك المؤسسة. كما طالب بالشفافية والوضوح بين كل الفصائل وصراحة ومكاشفة من أجل تصحيح المسار ومعاقبة المخطئ لأنه عدم المكاشفة والوضوح يفقد الحزب الحاكم مصداقيته أو المؤسسة الرئاسية، موضحًا أنهم قبلوا آليات الديمقراطية في إطار مجموعة من الآداب يتم احترام فيها مبادئ الإسلام، بحيث لا نكون تابعين للمنظومة الغربية ومبادئها المكيافيلية والانتهازية ونسير بهذا النسق وتلك الطريقة.