قرر المستشار محمد بدران المحامى العام لنيابات شمال أسيوط، حبس سيد عبده رضوان، عامل مزلقان المندرة، 15 يومًا على ذمة التحقيقات بعد أن وجهت له تهم الإهمال والتقصير فى العمل، مما تسبب عنه وفاة 51 تلميذًا، وإصابة 17 آخرين. كما قررت النيابة انتداب لجنة من كلية هندسة أسيوط لفحص مكان حادث اصطدام القطار بالأتوبيس، وكذلك انتداب لجنة من الطب الشرعى لفحص الجثتين المجهولتين المتواجدتين فى مشرحة مستشفى منفلوط، وإجراء تحليل "دى إن إيه" لهما لتحديد هويتهما، فضلاً عن انتداب مهندس المرور للبحث عن "الصندوق الأسود" بالأتوبيس لتحديد تحركات السائق. واستمرت التحقيقات فى الواقعة نحو 18 ساعة، اعترف خلالها سائق القطار (يوسف بشرى يونان)، المتحفظ عليه بقسم أول أسيوط، بعد أن وجهت له النيابة التسبب فى الإصابة التى أودت بحياة عشرات التلاميذ، والإهمال، وإهدار المال العام، أن الطريق كان مفتوحًا، ولم ير أثناء قيادته للقطار إذا ما كانت بوابة المزلقان مفتوحة أم مغلقة لبعد المسافة، ولكن عامل المزلقان لم يعطيه أى إشارة بالتوقف. وفجر العامل المتهم الرئيسى فى كارثة قطار أسيوط، خلال التحقيقات معه مفاجأة، إذ أنه أقر بأن المراقبين لم يخطروه بقدوم القطار، مؤكدا أن الواقعة تكررت 3 مرات قبل الحادث، وأنه تقدم بشكاوى على مدار الثلاثة أشهر الماضية للمسئولين، يخطرهم بواقعة عدم قيام المراقبين، بإخطاره بقدوم القطارات. فيما أشارت معاينة النيابة لموقع الحادث إلى أن الأتوبيس كان متهالكًا، وأن سعته لا تزيد عن 29 راكبًا، فى حين أن الركاب به كان عددهم نحو 69 راكبًا، كما أن بوابات المزلقان لم يحدث لها اقتحام من قبل سائق الأتوبيس.