قرر الدكتور محمد أحمد شريف رئيس جامعة المنيا تشكيل لجنة لفحص كتاب مادة التاريخ الخاص بالفرقة الثانية بالدراسات الإسلامية واللغة العربية التي يقوم بتدريسها الدكتور يونس خضر أستاذ التاريخ وذلك لفحص ما به من معلومات علمية وتاريخية وما إذا كانت خارجة عن القواعد والأصول المتعارف عليها في التدريس الجامعي، وذلك على خلفية اتهام خضر بالتشيع وسب الرسول محمد صلى الله عليه وسلم والسيدة عائشة والصحابة. كما أصدر الدكتور محمد أحمد السيد عميد كلية الآداب قراراً باستبعاده من تدريس مادة التاريخ بالفرقة الثانية بقسمي الدراسات الإسلامية واللغة العربية وإسناد المادة لدكتور آخر بمقرر جديد واستبعاده من المشاركة في كنترولات هذه الفرق حفاظا علي مصلحة الطلاب. وقال الدكتور وجيه محمود رئيس قسم الدراسات الإسلامية بالكلية إن الأستاذ اعتمد فى تدريسه علي روايات موضوعة إساءة للصحابة وآل بيت الرسول وكان ينبغي عليه التثبت وتوثيق المراجع التي اعتمد عليها، خاصة وأن اغلبها يتعلق بعقيدة المسلم فإجلال الصحابة جزء من عقيدة المسلم. وكان الطلاب تقدموا بمذكره لعميد الكلية تتضمن المطالبة بطرد أستاذ بقسم الدراسات الإسلامية لإساءته للصحابة ونشر الفكر الشيعى بالجامعة وتم إرفاق جزء من مذكراته التي تدرس للطلاب، وجاء فيه أنه قال بمحاضراته إن "الرسول فشل في رحلته ألي مدينة الطائف وإن السيدة عائشة زوجة النبي محمد صلي الله علية وسلم كاذبة وسبب انقلابها تأثرها بحادثة آلافك، وإن طلحة والزبير انقلبا على الخليفة الشرعي وطلبا منه أن يسمح لهما بالخروج من المدينة ألي مكة بحجة أداء فريضة العمرة وهناك اجتمعا بالسيدة عائشة والتي كانت في الحج، واجتمع "المتآمرون" وخططوا للخروج علي الخليفة الشرعي علي ابن بي طالب، بحسب قوله.
