ونفى الظواهري في تصريحات خاصة ل"المصريون" وجود أى علاقة للعملية بالتنظيمات الجهادية في مصر، مشيرًا إلى أن هذه التنظيمات كانت تميل للعنف في عهد النظام السابق لمواجهة الضغط الأمنى عليها لأن أمن الدولة كان مؤسسة فاسدة يحاول أن يستخدم الأساليب القذرة للوصول لأهداف تطعن في العقيدة وتشكك الناس في دينهم. وأشار الظواهري إلى أن تنظيمات الجهاد تحولت إلى تيارات فكرية تدعو للجهاد ولكن ضد العدو كما أنها تحاول تطبيق الأمر بالمعروف والنهى عن المنكر مثل باقى التيارات الإسلامية الأخرى، معربًا عن اعتقاده بأن هذه العملية فردية مثل حادث القديسين ولا يظن أن لها علاقة لما يحدث فى سيناء. وقال مؤسس تنظيم الجهاد : "على حد علمي فإنهم توصلوا إلى أن مدبر العملية هو ضابط سابق أو ما شابه، لافتًا إلى أنه من الخطأ أن نلحق التهم بالتنظيمات الجهادية فى مصر لأنه لا يوجد أى دوافع لعمليات من هذا النوع ؟".