تشهد العملية التعليمية بمعاهد ملوي الأزهرية ارتباكا شديدا بسبب إصدار قرارات نقل عشوائية للمدرسين حيث صدر قرار المنطقة الأزهرية بالمنيا قبل بداية العام الدراسي الجديد بأيام قليلة نقل 43 مدرس ومدرسة منهم 17 من المعهد الأزهري الابتدائي الجديد و13 من معهد ملوي(1) و13 آخرين من معهد ملوي(2). رفض المدرسون والمدرسات تنفيذ قرارات النقل في الوقت الذي سعى فيه البعض بإلغاء تلك القرارات بالواسطة. جدير بالذكر أن مدينة ملوي تضم قطاعين للتعليم الأزهري كل قطاع يضم 12 معهدا دينيا يشرف عليهم إشرافا فنيا وكان هناك قرار الأزهر بضم العاملين المتطوعين بعدد 12 معهد أزهري موزعة على قرى ملوي وصدر قرار لهؤلاء المتطوعين بتعيينهم على درجات دائمة وضم تلك المعاهد إلى الأزهر الشريف وذلك لتحقيق الفائدة العلمية من تلك المعاهد والعاملين بها. الغريب أنه بعد ضم تلك المعاهد إلى الأزهر الشريف والعاملين بها أصدرت المنطقة الأزهرية بالمنيا عددا من القرارات بتوزيعهم على معاهد أخرى بالمدن فأصبحت المعاهد المنضمة إلى الأزهر في القرى خالية من أعضاء هيئة التدريس. فأضطر المسئولون بالمنطقة الأزهرية إلى إصدار قرارات نقل لمدرسي المعاهد في المدن بنقلهم إلى تلك المعاهد في القرى في الوقت الذي يعد مدرسي المعاهد في المدن من أقدم المدرسين والبعض منهم من المدرسين الأوائل الأمر الذي أربك العملية التعليمية في العديد من المعاهد الأزهرية. هذا وقد خالفت المنطقة الأزهرية قرار الإمام الأكبر شيخ الأزهر بعدم النقل أو الندب للمدرسين قبل العام الدراسي بأيام أو خلاله بل الأمر أزداد سوءا بسبب تضرر المدرسات الذين يدرسون مادة الشريعة وعددهم 15 مدرسة نقلهم إلى المعاهد الأزهرية حيث أكدوا أنه من غير اللائق أن تدرس مدرسة الشرعي للطلاب المراهقين وهذا ممنوع في التعليم الأزهري. أكد عدد من الموجهين والنظار أن بداية العام الدراسي الجديد بالمعاهد الأزهرية وما تشهده من فوضى وارتباك أدى إلى خلل في العملية التعليمية فمعهد قراءات ملوي يحتاج إلى العناية به من حيث الإدارة والإشراف على حضور الطلاب والاهتمام بالقرآن وعلومه في الوقت الذي يعاني منه طالبات الأزهر في معهد الفتيات الأزهري إلى وسيلة انتقال داخلية لبعد المعهد أكثر من 4 كيلومترات حتى أن المصلى التابع لمعهد ملوي الثانوي الأزهري تم الاعتداء عليها وهدمها وبناء الدور الثاني دون أذن من الإدارة الهندسية للمنطقة الأزهرية بالمنيا. وأشار بعض الموجهين أن الأهالي المجاورين للمعهد قاموا بالاعتداء عليه واستولوا على الأبواب والشبابيك والزجاج وإتلاف السباكة والكهرباء وتم تحرير محضر بقسم شرطة ملوي وتم إبلاغ المنطقة الأزهرية بالمنيا والإدارة الهندسية التابعة لها دون أن يتحرك مسئول ومازالت المشكلة قائمة.