لم يُخفِ الإسلاميون عدم ارتياحهم من الحكومة الجديدة التي شكلها الدكتور هشام قنديل، فى ظل هيمنة عناصر محسوبة على النظام السابق عليها، وعدم وفاء جماعة "الإخوان المسلمين" وحزب "الحرية والعدالة" بوعودها التى قطعتها على نفسها قبل جولة الإعادة، معتبرين أن من العار أن يتم اختيار وزراء أيديهم ملوثة بدماء الثوار وإفساد أدلة قتلهم. واتفقت "الجماعة الإسلامية" والجهاديون والسلفيون على أن تشكيلة حكومة قنديل لا تبشر بالخير، وتطرح عددًا من علامات الاستفهام على استبعاد أى دور للقوى الإسلامية فى هذه التشكيلة رغم وجود عدد كبير من الكفاءات، وتأكيد بعض هذه القوى ضرورة إعطاء فرصة لهذه الحكومة قبل الحكم عليها. وقال الدكتور صفوت عبد الغنى، عضو مجلس شورى "الجماعة الإسلامية"، "هناك مخاوف شديد داخل الجماعة الإسلامية من توجهات هذه الحكومة فى ظل وجود عدد لا بأس به من الوزراء المنتمين للعهد السابق"، متسائلاً: كيف يمكن تشكيل حكومة فى مصر الثورة تتضمن شخصيات ترتبط بتصفية المتظاهرين والتآمر لإفلات قتلتهم من أى عقاب؟ وهدد بوقفة من الجماعة إزاء أداء هذه الوزارة لاسيما أن هناك عناصر متورطة فى قضايا فساد بشكل يثير الشكوك حول توجهاتها ومدى قدرتها على العبور بمصر من النفق المظلم. فى السياق ذاته، قال الشيخ أسامة قاسم، القيادى الجهادى البارز، إن تشكيلة حكومة قنديل تبدو للوهلة الأولى غير مريحة متسائلا: هل عقمت مصر عن أن تنجب وزيرًا للداخلية من خارج رموز الوزارة إبان ولاية العادلى وشقيق أحد أبرز فلول النظام السابق حتى يتم اختيار أحمد جمال الدين. واعتبر أن تأخر الدكتور مرسى وقنديل فى تشكيل الوزارة يشير إلى أن ممارسات الرئيس مرسى تفضل الحلول الوسط وتبتعد دائمًا عن الحسم وبشكل يهدد هيبة ومقام الرئاسة، لافتًا إلى أن كل المؤشرات تؤكد أن حكومة قنديل سيكون أداؤها تقليديًا ولن تستطيع تبنى حلول إبداعية لمشاكل مصر. من جانبه، أكد الدكتور يونس مخيون، عضو الهيئة العليا لحزب النور، أن الحكومة جاءت خروجًا على جميع الوعود التى قطعتها جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة على نفسه قبل جولة الإعادة، مشددًا على أن عرض الدكتور قنديل على أحد كوادر النور وزارة البيئة مرفوض جملة وتفصيلاً. وأوضح أن وزارة البيئة كيان هلامى لا تليق من قريب أو بعيد بحزب النور الذى كان قد تلقى وعودًا من مرسى بالحصول على ثلاث حقائب وزارية إلا أن التشكيلة النهائية خلت من أى اسم لوزراء منتمين للحزب رغم امتلاكه كوادر عديدة فى جميع المجالات. وتساءل: كيف تضم وزارة قنديل وزراء محسوبين على نظام مبارك وفلوله؟، معتبرًا أن هؤلاء الوزراء لن يكون أداؤهم منسجمًا مع الدكتور مرسى بل قد يثيرون له المتاعب. على صعيد آخر، طالب الدكتور محمد إمام، رئيس مجلس أمناء السلفية، بضرورة إعطاء الفرصة لحكومة قنديل للعمل وإثبات كفاءتها، معتبرًا أن من الظلم أن نكيل الاتهامات لهذه الحكومة قبل ممارسة مهامها. ومع هذا لم يُخفِ استياءه من وجود عدد من رموز الفلول داخل الوزارة، خصوصًا أن هذا الأمر قد يواجه بغضب شعبى قد لا يعطى الفرصة للحكومة للعمل بجد لإنقاذ مصر من النفق المظلم التى تعانى منه.