أثار قرار الرئيس محمد مرسى بالعفو عن عدد من قادة التنظيم الدولى لجماعة "الإخوان المسلمين" ردود فعل متباينة داخل الساحة. وفيما ساد ارتياح داخل جماعة الإخوان باعتبار القرار أغلق الباب نهائيًا على هذه القضية وفتح الباب أمام عدد من رموز الجماعة للعودة بعد عقود من الأبعاد طالبت "الجماعة الإسلامية" الرئيس مرسى والنائب العام بضرورة التدخل وإصدار قرار من النائب العام بإغلاق التحقيق فى قضية العائدون من أفغانستان وإطلاق سراح قادتها الأربعة، فيما تحفظ البعض على القرار بوصفه مجاملة للجماعة وتضمن قرار العفو الصادر فى الجريدة الرسمية كلاً من الملياردير الإخوانى المعروف يوسف ندا والمفوض الدولى للجماعة وإبراهيم منير وأشرف عبد الغفور وإبراهيم منير الأمين العام للتنظيم الدولى وإبراهيم فاروق وتوفيق الواعى والداعية الإسلامى المعروف وجدى غنيم وغيرهم. وأفادت مصادر مطلعة، أن قرار العفو عن قيادات التنظيم الدولى جاء فى مسعى من الدكتور مرسى لتأمين الدعم الدولى لمشروع النهضة لاسيما الملياردير يوسف ندا صاحب بنك التقوى واستخدام استثماراته لضخ الدماء فى عروق الاقتصاد المتداعى فيما تسعى الجماعة للاستفادة من خبرات القيادى البارز فى التنظيم إبراهيم منير لقيادة مشروع التطوير الذى تعثر بفعل انشغال قادة الجماعة بملفات عديدة. يأتى هذا فى الوقت الذى نقل عن مصادر مقربة من ندا بأنه سيعود إلى مصر خلال الأسابيع القادمة وسيستأنف أنشطتها داخل الجماعة مدشنًا هذه العودة بإنشاء فرع لبنك التقوى فى مصر مطلع يناير 2013 للمساهمة فى دعم برنامج النهضة. فيما أكد القيادى الإخوانى البارز إبراهيم منير أنه سيعود للقاهرة بعد عيد الفطر المبارك لأرض الوطن بعد عقود طويلة قضاها فى الخارج وأنه لم يتم تكليفه رسميًا حتى الآن بإدارة ملف تطوير الجماعة خلفًا لخيرت الشاطر وإن كان قد أبدى استعداده لتولى المهمة فور تكليفه بها. واعتبر القيادى الإخوانى البارز المهندس على عبد الفتاح أن قرار العفو يأتى فى إطار الصلاحيات الدستورية التى يتمتع بها الرئيس، مشيرا إلى أن عددًا قليلاً من الصادر بحقهم قرار العفو لهم ارتباطات تنظيمية بجامعة الإخوان واصفًا قضية التنظيم الدولى التى صدرت ضد رموز إخوانية بأنها قضية لفقها النظام السابق بناءً على تحريات مغلوطة. ونفى أن يكون قرار عودة الملياردير يوسف ندا مرتبطًا باستخدام استثماراته لدعم مشروع النهضة، مشيرًا إلى أن أموال ندا قد صدرت منذ أحداث الحادى عشر من سبتمبر وهو ما كانت له تداعيات سلبية على وضعه المالى لدرجة أنه يتلقى دعم أصدقائه لتسيير شئون حياته. من جهته، رحب الشيخ عبود الزمر القيادى البارز فى الجماعة الإسلامية بصدور قرار العفو عن قادة الإخوان، مقرًا فى الوقت نفسه بصعوبة إصدار الرئيس عفوًا مماثلاً عن القيادات الأربعة الكبار الإسلامبولى ومصطفى حمزة ورفاعى طه وعثمان سمان، لأن الأربعة لازالوا قيد التحقيق فى قضية العائدون من ألبانيا. وطالب بأن يتضمن قرارات العفو الرئاسى عما يقرب من 30 من كوادر الجماعة الإسلامية المحبوسين بسجن العقرب باعتبار أنه من غير اللائق استمرار حبس عدد كبير منهم فى عهد الثورة، مطالبًا النائب العام وفقا لصلاحياته بإغلاق التحقيق فى هذه القضية ورفع المظالم التى استمرت سنوات عن أناس واجهوا قمع النظام وسعوا لإسقاطه. فى سياق متصل، قال ياسر وجدى نجل الداعية الإسلامية وجدى غنيم المقيم فى اليمن إن والده لن يعود إلى مصر خلال المرحلة القادمة برغم قرار العفو الرئاسى الصادر عنه، مشيرًا إلى أن والده سيواجه عشرات البلاغات الخاصة المتعلقة بالهجوم على البابا شنودة ورموز قبطية، فضلا عن تربص جهات سيادية به إثر الانتقادات اللاذعة للمجلس الأعلى للقوات المسلحة.
