رفض عدد من قيادات الأزهر والإخوان المسلمين الاتهامات الموجهة ضد جماعة الإخوان المسلمين بشأن سعيهم ل"أخونة" الأزهر الشريف، مشددين على أن الفكرة غير مطروحة على الإطلاق، خاصة أن الأزهر له مكانته المقدسة فى العالم كله، إضافة إلى أنه مؤسسة مستقلة، ولا يمكن التدخل فى اختصاصاتها أو شئونها. وقال على لبن، القيادى بحزب الحرية والعدالة، إن فكرة "أخونة" الأزهر فكرة غير وارده نهائياً، ولا يمكن التفكير فيها من جانب الإخوان بأى حال من الأحوال؛ خاصة أن الجماعة تدرك قدر واحترام الأزهر الشريف لما يحمله من مكانة كبيرة فى العالم كله، مؤكداً أنه لا نية للإخوان للسيطرة على مؤسسات الدولة أو جعل قياداتها من الجماعة . وأكد صبحى صالح، القيادى بحزب الحرية والعدالة، أن الإخوان المسلمين لا يفكرون فى إقصاء شيخ الأزهر أو التدخل فى شئون الأزهر الشريف ، مشيرًا إلى أن السعي ل"أخونة" الأزهر، "حماقة سياسية بامتياز"، لا يمكن للجماعة التفكير فيها، خاصة مع الدور والمكانة الكبيرة للأزهر الشريف فى مصر والعالم كله. وفي السياق ذاته، أكد الشيخ عبد العزيز النجار، أمين عام الدعوة بالأزهر الشريف، أن الإخوان لا يسعون إلى اختراق مؤسسة الأزهر الشريف، مشيرًا إلى أنهم يسعون فقط لأن يكون منصب شيخ الأزهر بالانتخاب لا بالتعيين حتى يتمكن كل فرد فى الأزهر من أخذ مكانته اللائقة ولا يكون هذا المنصب حكرًا على أحد مدى الحياة. وشدد النجار على أنه لا يوجد أى خلاف بين الأزهر والإخوان بسبب ذلك، بل هناك ترحيب من جانب الأزهر وقياداته على قرار انتخاب شيخ الأزهر بهدف إصلاح وتطوير هذه المؤسسة العريقة. الأمر ذاته أكده الدكتور محمد إبراهيم، أحد مشايخ الأزهر ، مشيرًا إلى أن فكرة تغيير قيادات الأزهر الشريف لصالح الإخوان المسلمين فكرة غير مطروحة على الإطلاق ولا يمكن تنفيذها ؛ فالأزهر له أصوله ومناهجه التى يمارسها منذ مئات السنين. وأكد أن قيادات الأزهر لا بد أن يكونوا من أبنائه، مشيرًا إلى أن الدكتور محمد مرسى أكد منذ البداية على ضرورة استقلال الأزهر . وأشار إبراهيم إلى أنه لا يوجد أى خلاف بين شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب وبين جماعة الإخوان المسلمين، وما حدث خلال احتفال جامعة القاهرة كان مجرد سوء للفهم، تم تدارُكه بعدما تحدث الرئيس مع الطيب وقام بالاعتذار له .
