حذر مجمع البحوث الإسلامية من الدعوات التي ظهرت في الآونة الأخيرة من دعوات تُوجَّه إلى بعض الأئمة والخطباء بمصر لزيارة ما يسمى ب"العتبات المقدسة" في إيران، و توزيع كثير من الكتب التي تُروِّج للعقائد الشيعية المرفوضة من أهل السنة والجماعة. وشدد الأزهر علي عدم الاستجابة لهذه الجهود التي تسعى إلى تمزيق وحدة المجتمعات السنية، وتحويلها إلى مجتمعات طائفية، يكون بأسها بينها شديدًا، أو بما يحقق مقاصد أعداء الأمة. كما ناقش بعض الآراء التي تحرم تطعيم الأطفال ضد مرض "شلل الأطفال"، وقد أصدر المجمع رأيه التالي: ظهرت بعض الفتاوى التي تحرم التطعيم ضد "شلل الأطفال" في دول شرق آسيا وغيرها من الدول. ولما كان هذا المرض يعرض أطفالنا للموت أو الشلل في بعض الأطراف، فيصبح الطفل عاجزًا طيلة حياته، ولما كنا مأمورين بدفع الضرر عن النفس، لذلك يناشد مجمع البحوث الإسلامية جميع الآباء والأمهات ألا يتبعوا تلك الفتاوى التي تحرم التطعيم ضد هذا المرض الخطير؛ حيث يقول سبحانه: {قد خسر الذين قتلوا أولادهم سفها بغير علم} [الأنعام: 140].