أعلن حزب الحرية والعدالة عدم مشاركته في اللقاء الذي دعا إليه المجلس الأعلي للقوات المسلحة الثلاثاء 5/6/2012 وذلك لعدم موائمته ومناسبته مع الأحداث الجارية. ودعا الحزب جموع الشعب المصري إلي المشاركة القوية والفاعلة في مليونية " حماية الثورة " التي دعا إليها عدد من الأحزاب والقوي السياسية والثورية، من اجل تحقيق المطالب الشعبية التي ترمي لإعادة محاكمة قتلة الثوار والمتسببين في حجب وإتلاف أدلة الإدانة، بالاضافة لعزل رموز النظام السابق من الانتخابات الرئاسية تطبيقا لتعديلات قانون مباشرة الحقوق السياسية التي أقرها مجلس الشعب. وأشار الحزب، في بيان حصلت المصريون على نسخة منه، علي موقفه الثابت ورفضه القاطع لأية تعديلات علي الإعلان الدستوري القائم لما يمثله ذلك من عدم احترام الرغبة الشعبية التي تمثلت في الاستفتاء علي التعديلات الدستورية في مارس 2011. وأضاف البيان أن الحزب مستمر مع باقي الأحزاب والقوي السياسية في التواصل والتشاور من أجل تحقيق التوافق العام حول تشكيل الجمعية التأسيسية لوضع مسودة الدستور المصري الجديد، وهو التوافق الذي أوشك علي الانتهاء من خلال الاتفاق علي المعايير العامة والجهات التي يجب أن تمثل في الجمعية التأسيسية انطلاقا من وثيقة الأزهر الشريف التي وافق عليها كل الأحزاب والقوي السياسية والشعبية وكذلك وثيقة التحالف الديمقراطي كإطار عام في إعداد الدستور الجديد. وأكد على أنه قد تم التوافق علي أن تضم الجمعية التأسيسية ممثلين للأحزاب السياسية والنقابات المهنية وفقهاء القانون وممثلي الهيئات القضائية والمؤسسات الدينية الإسلامية والمسيحية وكذلك ممثلين من اتحادات العمال والفلاحين والاتحادات النوعية الأخري وممثلين من الشباب والسلطة التنفيذية فضلا عن الشخصيات العامة، وبما يضمن مشاركة مميزة للشباب والنساء والأقباط باعتبارهم جزء مهم في مكونات المجتمع المصري.