أوصت هيئة مفوضى الدولة بإحالة المدنيين للمحاكمة العسكرية، من خلال رفض محكمة القضاء الإدارى الدعوى المقامة من أحد المتهمين فى قضية تمرير مكالمات دولية، والتى طالب فيها بإلغاء قرار المشير بإحالته للمحاكمة العسكرية، وهو الحكم الذى أثار جدلاً فى الشارع السياسى بين رفض قاطع للقرار، الذى يظهر نية سيئة من المجلس العسكرى للثوار، بينما أكد بعض الخبراء أن المحاكمات العسكرية للمدنيين قد تصبح ضرورة لا يمكن الاستغناء عنها. قال الدكتور محمد فوزى، أستاذ القانون والمرشح لرئاسة الجمهورية، إن رأى هيئة مفوضى الدولة هو رأى استشارى وليس ملزمًا، قد تأخذ به محكمة القضاء الإدارى وقد لا تأخذ به، مستنكرًا كثرة الفتاوى فى الشئون القانونية؛ لأنها ساهمت فى إفساد الحياة السياسية، خاصةً عندما يتم الإفتاء فى المسائل القانونية لإثارة الجدل دون أى أسس علمية. وأيد فوزى إحالة المدنيين للمحاكمة العسكرية، مشيرًا إلى أن القانون والدستور يكفل هذا فى حالات عديدة، حيث إن القضاء العسكرى يتدخل وفق طبيعة الجريمة، خاصة إذا كان أحد أطرافها شخصًا عسكريًا أو ارتكبت فى مكان عسكرى أو حسب الظروف العامة. وأكد أن ما تمر به البلاد من فوضى يتطلب إحالة البلطجية والمجرمين للقضاء العسكرى؛ لأنه الأسرع والأشد ردعًا، وهو أمر هام جدًا لإعادة الأمن والأمان للبلاد من جديد، ومن حق المجلس العسكرى القائم بمهام رئيس الجمهورية إحالة البعض للمحاكم العسكرية وفقًا للحاجة، مستبعدًا أن يحيل المجلس العسكرى النشطاء للقضاء العسكرى فى قضايا رأى، كما يدعى البعض. بينما أكد محمد حسن، عضو الأمانة العامة لحزب الحرية والعدالة، أن الهيئة البرلمانية للحزب تقدمت بمشروع قانون يمنع إحالة المدنيين للمحاكم العسكرية، مشيرًا إلى أن موافقة مفوضى الدولة على إحالة المدنيين للمحاكم العسكرية يتسبب فى ثورة ثانية، خاصة أن الثورة قامت من أجل الحرية. وأضاف حسن أن الحزب يرفض تمامًا إحالة المدنيين للمحاكم العسكرية، موضحًا أن المقصود من ذلك هو قمع السياسيين الثوريين، الذين يعارضون المواقف السيئة للحكومة أو المجلس العسكرى، واصفًا إياه بأنه امتداد لقرارات النظام السابق، وهو ما يتطلب توحيد صفوف القوى الوطنية لمواجهة ذلك, مطالبًا البرلمان بسرعة مناقشة قانون منع إحالة المدنيين إلى المحاكم العسكرية لإنهاء هذا اللغط. ورفض جورج إسحاق، مسئول لجنة المحافظات بالجمعية الوطنية للتغيير، قرار إحالة المدنيين للمحاكم العسكرية، مهددًا بلجوء القوى الثورية لميدان التحرير والاعتصام به حال التصديق على هذا القرار والعمل بموجبه، مشيرًا إلى أن بعض مؤسسات الدولة التى لم تصل إليها رياح الثورة تحاول القضاء على أهداف الثورة. من جانبه انتقد حمادة الكاشف، المتحدث باسم اتحاد شباب الثورة، هيئة مفوضى الدولة المؤيدة لإحالة المدنيين للمحاكمة العسكرية، معتبرًا أن هذا القرار يأتى برغبة من المجلس العسكرى، واصفًا القرار بأنه مجرد فرقعات وهمية فى الهواء، مؤكدًا أن لكل مواطن مدنى الحق فى اللجوء لقضائه المدنى الطبيعى. وأشار الكاشف إلى أن المجلس العسكرى يريد استمرار المحاكمات العسكرية للمدنيين، لاسيما بعد أن رأى شعلة الميدان تعاد من جديد، وفى ظل استمرار الثوار فى النزول للميدان مع العديد من الحركات الإسلامية، التى أصبح لها دورًا سياسيًا. بينما طالب أحمد عبد الحفيظ، المحامى وعضو المكتب السياسى للحزب الناصرى، بضرورة أن يصدر مجلس الشعب قانونًا يمنع تحويل المدنيين للمحاكمات العسكرية، وتصديق المجلس العسكرى عليه، بصفته رئيس البلاد، واصفًا التصريحات حول رفض العسكرى إحالة المدنيين للمحكمة العسكرية بأنه "كلام للاستهلاك المحلى"، مشيرًا إلى أن الإحالة للمحاكم العسكرية نص مطلق فى قانون الطوارئ، الذى قيل إنه ألغى، وهو لم يلغى بالفعل.