تعرضت جهود الحزب الحاكم لتأمين أغلبية الثلثين داخل مجلس الشعب الجديد إلى انتكاسة قوية ، بعد رفض العديد من النواب المستقلين ، الذين انشقوا عن الحزب وخاضوا الانتخابات كمستقلين ، العودة مجددا إلى الحزب ، واشترطوا لذلك إجراء تعديلات هيكلية موسعة داخل الحزب . وكان أخر الصدمات التي تلقاها الوطني رفض النائبة المستقلة جمالات رافع عن دائرة طوخ بالقليوبية الاستجابة للضغوط التي مارسها الحزب الحاكم عن طريق الوزير كمال الشاذلي وتصميمها على عدم التوقيع على استمارة الحزب. ولم تكن رافع السيدة الوحيدة التي رفضت الانضمام للحزب الحاكم بل سبقتها نائبة بلقاس هيام عامر التي فشلت جميع الجهود لإقناعها بالانضمام للحزب الحاكم. وتلقى الحزب ضربة شديدة برفض كل من عبد الملك الزيني والرفاعي حمادة عضوي المجلس عن بورسعيد الانضمام للحزب وتفضيلهما الاستمرار كمستقلين وهي الصفة التي تم انتخابهما عليها. ولم يتوقف الرفض عند هذا الحد ، حيث تحفظ العديد من المرشحين الفائزين في محافظات السويس والإسماعيلية على الاستجابة لمطالب الوطني بالعودة لصفوف الحزب ، مما أدخل قياداته في مأزق عنيف ، خصوصا وأن هناك إحساسا عاما لدى المرشحين والنواب على حد سواء بأن الانضمام للحزب الوطني لا يعطي ميزة لأعضائه بقدر ما يجلب على العضو نفور وغضب الناخبين. وكشفت مصادر عن وجود استياء شديد لدى القيادة العليا للحزب من فشل أمانات الحزب بالمحافظات وقياداته في إجبار المرشحين المستقلين والمنشقين على العودة للحزب مما يهدد مساعيه لتأمين الأغلبية مشيرة إلى أن قيادات الحزب تعاني من مأزق بعدما أبلغت القيادة السياسية أن الحزب قد نجح في تأمين الأغلبية المريحة في مجلس الشغب وهو ما لم يحدث حتى الآن. وأشارت المصادر إلى صعوبة المفاوضات الدائرة حاليا بين قيادات الحزب والنواب المستقلين والمنشقين ، والذين اشترطوا إحداث تعديلات هيكلية داخل بنية الحزب وضخ دماء جديدة في المناصب العليا للحزب كشرط أساسي لانضمامهم وهو ما قابلته قيادات الحزب برفض شديد. جدير بالذكر أن النائب هشام مصطفى خليل نجل نائب رئيس الحزب الأسبق قد رفض حتى الآن المحاولات المستمرة من جانب قيادات الحزب في مقدمتهم أحمد عز لإعادته للحزب بعد الاستقالة التي كان قد تقدم بها عقب اختيار الحزب الدكتور حسام بدراوي مرشحا لمقعد الفئات بدائرة قصر النيل.