يتعرض الأزهر – أكبر مرجعية إسلامية في العالم – لموجة هجوم حادة في وسال الإعلام المصرية بلغت حد اتهام مناهجه بدعم الفكر الداعشي، خلافًا للمعروف عنه من قيامه على المنهج الوسطي، ووصلت إلى حد التهجم على شيخ الأزهر وعلمائه. وترصد "المصريون" أبرز هؤلاء الذين تطاولوا على أهانت الأزهر، ووجهت له الاتهامات بأنه يرعى الإرهاب ويخرج طلابًا إرهابيين. إسلام البحيري بمجرد خروجه من السجن بعفو رئاسي، عاد مرة أخرى ليمارس إهانته للأزهر وللعمامة الأزهرية، وعادت الفضائيات لاستضافته مرة أخرى، فاتهم البحيري الأزهر بأنه يدرس مذاهب الفقهاء الذين يبيحون قتل غير المسلم وهذا عبر مناهج الأزهر الشريف التي يتم تدريسها للطلبة. واستنكر ما قاله الأزهر حول اعتبار المسيحي ذميًا قائلاً: "الأزهر الرسمي وبيت العائلة مازال يقول عن المسيحي ذميًا، وهذا يعني أنه لا يتواجد ببلده أو أن هناك مواطنه". وللبحيري العديد من التصريحات التي يهين فيها الأزهر وينتقص من قدره ومن قدر علمائه، بالإضافة إلى وصفه الأزهر دائمًا بأوصاف لا تليق بهذه المؤسسة العريقة. حلمي النمنم يرى وزير الثقافة، أن سبب انتشار ظاهرة العنف والتطرف، هو الأزهر، إذ قال إن "المجتمع المصري يجب أن يتحلى بالشجاعة ومواجهة ظاهرة العنف، حيث يعانى المجتمع المصري من قصور في النواحي الثقافية والتعليمية، وذلك يرجع إلى عدة أسباب منها توغل التعليم الأزهري في مصر، حيث يشكل التعليم الأزهري نسبة كبيرة في مصر، وهو أمر لابد من إعادة النظر فيه، وكذلك إعادة النظر في المناهج الدينية التي تدرس في المعاهد الأزهرية". كما اتهم الأزهر بأنه عاجز عن تجديد الخطاب الديني قائلاً: "إلى الآن لم يحدث شيء حقيقي في تجديد الخطاب الديني تنفيذًا لتعليمات الرئيس السيسي ولم تتخذ الجهات المنوط بها ذلك مثل مؤسسة الأزهر أي خطوات جدية في الأمر، خاصة أنها قضية جدية هامة للمجتمع". إبراهيم عيسى يرى أن المناهج الأزهرية تربي الأطفال على "الداعشية" والإرهاب منذ الصغر. واتهم عيسى الأزهر خلال برنامجه على فضائية "القاهرة والناس" في أكثر من حلقة بأنه موالٍ للنظام القائم، ولا يستطيع الرد على الأفكار المتطرفة، أو مواجهة داعش والسلفية. ورأى أن الأزهر يحارب الأصوات التي تنادي بالتغيير، قائلاً: "إنه من المفجع أن نجد مؤسسة الأزهر تهاجم بعض أبنائها من المشايخ، لكونهم يقولون قولاً مغايرًا للسائد، وكأن مطلوب من هؤلاء أن يكونوا صوتًا واحدًا أو صوتًا مكتومًا". سيد القمني هجوم الكاتب المثير للجدل على الأزهر أشد جرأة من كل المسيئين لتلك المؤسسة، حيث بلغ به الأمر حد التحريض على مؤسسة الأزهر لإدراجها ضمن المنظمات الإرهابية. وتطاول القمني على مشايخ الأزهر وعلمائه قائلاً: "خلوا مشايخ الأزهر يروحوا إفريقيا يلدغهم ثعابين، ويموتوا شهداء مش يقعدوا جنبنا يدعونا للإسلام وإحنا مسلمين". ووصف الأزهر بأنه "آخر قلاع الاحتلال العربي ومن أراد أن يقدم نفسه فداءً لمصر، فليشارك معي في إعادة هذا الديناصور إلى جحره مره أخرى"، مضيفَا أنه "ما تبقى من عمري نذرته لوجه الوطن ضد الأزهر". القللي يزعم المتحدث الرسمي لحركة "وعي" للتثقيف السياسي، أن "المناهج الأزهرية تحتوي على مواد تكرّس العنف والتطرف والأفكار التكفيرية". وأضاف أن "بعض شروح الأحاديث النبوية في الفقه الإسلامي، خاصة عند السلفية الوهابية، خطيرة جدًّا، ولا سيما بعض فتاوى ابن تيمية ومحمد بن عبد الوهاب، لذلك يجب منع هذه الفتاوى وحذفها من المناهج التعليمية الخاصة بالأزهر الشريف". وتابع: يجب مراجعة كل ما ورد من معلومات وأفكار خاصة بأبواب الجهاد في الكتب الأزهرية؛ حتى لا تصل بالمفهوم الخطأ للشباب في ظل وجود مَن يستطيعون أن يلعبوا بعقول هؤلاء الشباب. محمد عبدالله نصر "ميزو" لم تقتصر هجومه على شيخ الأزهر وعلمائه، بل هاجم التي يتم تدريسها، وأيضًا التشكيك في الأئمة والمذاهب التي تدرس بالأزهر. فقد شن هجومًا حادًا على الأزهر، قائلاً: "مناهجه تحث على القتل والتكفير واغتصاب النساء وقتل المسلمين واليهود"، مشيرًا إلى أنه يحرم الزنا في حين أن الأزهر يدرسه، متسائلاً: "لماذا يدرس في مناهج الأزهر زواج المتعة".