انتفض علماء الأزهر والأئمة ضد الداعية وجدى غنيم بعد فتواه بتكفير العالم الراحل أحمد زويل، وشنوا هجومًا حادًا على غنيم، متهمين إياه بتشويه صورة الإسلام وعلمائه، مشيرين إلى أن تاريخه مظلم. وأكد العلماء أن تكفير غنيم لا يعتد به لعدم انتسابه لهيئة كبار العلماء وإنها لا تنتقص من مكانة الدكتور الراحل أحمد زويل، مشيرين إلى أن زويل أفنى حياته فى خدمة العلم وتخفيف آلام البشرية. ووصف العلماء فتاوى غنيم بأنها "فتاوى المصاطب"، مطالبين إياه بترك الفتوى لأهلها المخولين بها. ومن جانبه أدان شوقى عبد اللطيف، نائب وزير الأوقاف السابق، تكفير وجدى غنيم للعالم الراحل أحمد زويل، واصفا وجدى غنيم باختلال العقل وأنه لا يؤتمن على دين وبأن تاريخه مظلم. وشدد عبد اللطيف على أن الإسلام حرم تكفير المسلمين بغير وجه حق، مستشهدًا بحديث الرسول _صلى الله عليه وسلم_ " إذا قال رجل لأخيه يا كافر فقد باء بها أحدهما". وأضاف عبد اللطيف ل"المصريون"، أن العالم الراحل أحمد زويل رجل مسلم يشهد له بالإسلام وبالإيمان، كما أنه أضاء العالم بعلمه الفذ وخفف من آلام البشرية بأبحاثه ويؤمن بالوطنية ويحب تراب مصر بدليل وصيته بأن يدفن في مصر وأفنى حياته في خدمة الإنسانية. أكد عبد اللطيف أن وجدي غنيم لا يعرف قيمة الإسلام وأساء للإسلام كثيرًا قبل أن يسيء للمسلمين، مشيرًا إلى أن شغل غنيم الشاغل البحث عن المادة للدرجة التى حولته لعبد لها، موجها رسالة لغنيم "كفاك من الخزى والعار ما يجعلك تصمت بقية عمرك". ومن جانبه قال الشيخ محمد البسطويسي، نقيب الأئمة والدعاة، أن العالم الراحل أحمد زويل خدم البشرية بأبحاثه وعلى الرغم من علمه ومكانته لم يتراشق مع أحد بالألفاظ ولم يسب أو يلعن أحد كما أنه لم يهتم بالرد على مهاجميه لانشغاله بما هو أعظم وأجل شأنا ألا وهو العلم حتى أنشئ مدينة تخدمه وهى مدينة "زويل". ووجه البسطويسي، فى تصريحات خاصة ل"المصريون"، رسالة لوجدى غنيم، قائلا: "هل من أخلاق الداعية الذى يمثل صورة الإسلام أمام العالم أجمع أن يسب ويلعن ويكفر بغير وجه حق"، متسائلا عن عدم مهاجمة غنيم لزويل فى عز مجده وشهرته، واصفا ذلك الموقف من غنيم ب"الجبن والخسة". وأضاف البسطويسى أن وجدى غنيم لا يملك حق الإفتاء وأن الفتوى لها أهلها وعلماؤها ولذلك فإن فتواه لا تقدم ولا تؤخر ولا تنقص من مقام العالم الراحل، واصفًا غنيم بأنه ممن صدق عليهم قول الله تعالي: "أولئك الذين ضل سعيهم فى الحياة الدنيا ويحسبون أنهم يحسنون صنعا". ووصف البسطويسى فتاوى غنيم، بأنها فتاوى المصاطب وتشبه إلى حد كبير ثرثرة النساء، وترك العلم لأهله الأجدر به حتى لا يسيء للإسلام أكثر من ذلك.