رفضت دار الإفتاء المصرية، تصريحات الدكتور وجدي غنيم، حول تكفير العالم أحمد زويل، واصفة التصريحات بأنها تأتي ضمن حملات التكفير والتشويه التي تقوم بها بعض التيارات والجماعات ضد رموز الوطن وعلمائه الكبار، وفق البيان الصادر عنها. وقال البيان الذي أصدره مرصد الفتاوى التكفيرية والآراء المتشددة التابع لدار الإفتاء، تحت عنوان: « المتطرفون يحاولون جر مصر إلى طوفان العنف المدجج بفتاوى التكفير»، إن المرصد يندد بهذه الحملات، مؤكداً أن التكفير دائمًا وأبدًا هو سلاح المتطرفين للنيل من خصومهم وتشويه صورتهم وتبرير الاعتداء عليهم واغتيالهم ماديًّا ومعنويًّا. وقال المرصد: "إن هذا البيان جاء تعقيبًا على تكفير العالم المصري الكبير والفقيد العزيز الدكتور أحمد زويل، الحاصل على جائزة نوبل، من قبل وجدي غنيم، أحد القيادات القريبة من جماعة الإخوان، حيث قال غنيم في إحدى الفضائيات ردًّا على سؤال المذيع هل يجوز لعن "الخائن" أحمد زويل؟ أم هل يجوز الترحم عليه؟ "بحسب قوله"، فرد غنيم: "أنا لا أقول إن زويل مشرك، لا بل هو كافر، ولا يجوز الترحم عليه، وتابع غنيم: أنه يجوز لعن الدكتور زويل، واستشهد بذلك بآيات قرآنية تتكلم عن الكفار والمشركين". وتابع البيان: " يُعد التكفير السبب الرئيسي والمباشر لمعظم عمليات الاغتيال والتصفية التي تتم بحق رموز وقيادات المجتمع، فتكفير الدكتور زويل واغتياله معنويًّا وتشويه صورته يتساوى في الجرم مع تكفير مفتي مصر السابق الدكتور علي جمعة ومن ثم محاولة اغتياله ومنعه من ممارسة رسالته في التنوير والتحديث، وإيصال العلم الشرعي الوسطي المنضبط إلى المسلمين في الداخل والخارج"، على حد نص البيان. وأضاف المرصد: "أن العالم اليوم أصبح أكثر وعيًا بمخاطر التكفير والتفسيق واستخدام الدين في الصراعات والنيل من الخصوم؛ نظرًا لما جره التكفير واستخدام الدين في الصراعات من خراب ووبال على الأمتين العربية والإسلامية، ولما لحق بالكثير من الدول والمجتمعات العربية التي قارب الكثير منها على الانهيار أمام طوفان العنف المدجج بالفتاوى الدينية، مما يعني أن استمرار استخدام سلاح الفتاوى الدينية التكفيرية هو محاولة مستمرة من قبل البعض لتعريض أمن الوطن واستقراره إلى الخطر، ودفعه إلى مهالك السوء التي تنتشر في المنطقة من حولنا". وأردف: "أنه لابد من محاربة تلك التيارات التكفيرية والمتطرفة التي تسعى لنشر نار الصراعات الدينية المسلحة في المنطقة بأسرها، ومنعها من توظيف الفتاوى الدينية في النيل من خصومها، وتوضيح خطورة التكفير وما يستتبعه من استباحة للدماء والأعراض والأموال".