تناقضت مواقف نقيب الصحفيين الأسبق مكرم محمد أحمد في واقعة لجوء الصحفيين إلى مظلتهم المهنية داخل مقر النقابة، لمنع اعتقالهم بسبب آرائهم. ففي الوقت الذي يبرر فيه اقتحام الأمن لحرم النقابة، للمرة الأول في تاريخها بسبب احتماء اثنين من الزملاء بها، ويتهم المجلس الحالي بالتستر عليهما، تجاهل نقيب الصحفيين الأسبق موقفة من إيوائه لأحد الزملاء الصحفيين داخل مقر النقابة لما يقرب من 45يومًا مانعًا الأمن من الاقتراب من أبوابها. وكان الصحفي عبدالجليل الشرنوبي، رئيبس تحرير موقع "إخوان أون لاين" بطل هذه الواقعة، حيث اعتصم داخل النقابة أكثر من شهر ونصف. وقال الشرنوبي: "مع آخر انتخابات محليات شهدتها مصر في عهد المخلوع حسني مبارك، كنت رئيسًا لتحرير موقع إخوان أون لاين، ومسئولاً تنظيميًا عن إعلام محافظات القطر المصري". وقال ل"المصريون": "تغطية الموقع الإخواني الصحفية للانتخابات وما شابها من انتهاكات كانت كفيلة بأن تزعج إدارة وزارة الداخلية وعلى رأسها الوزير الأسبق اللواء حبيب العادلي، مما دفعه لمداهمة منزلي وكنت وقتها في سهرة بمنزل الشاعر الكبير نجيب شهاب الدين، واتصلت بي زوجتي لتخبرني بالأمر". وأضاف "عندها لم أجد أمامي إلا باب نقابتنا، ولم تكن التهمة وقتها تتعلق بالنشر بل ما ساقه محقق النيابة كان ادعاء بأنني مسئول عن تنظيم اسماه (قادة الشوارع)، وهو مسمى لم يكن له ظل من واقع, فحتى التحريات المزعومة كانت (فشنك), ومكثت معتصمًا بنقابة الصحفيين قرابة شهر ونصف حتى خرجت مع وفد من مجلس النقابة لم يكن بينهم عضو من الإخوان- ومحاميها إلى نيابة أمن الدولة العليا التي أفرجت عني بكفالة ألف جنيه ولا أعلم على وجه التحديد إلى أين وصلت هذه القضية". واستدرك: "لم تستطع دولة الفساد والإفساد التي كانت لم تتجاسر وزارة داخليتها على اقتحام النقابة لإلقاء القبض عليّ، ولم يجرؤ حبيب العادلي وزير الداخلية في ذلك الوقت بكل ما أوتي من جبروت السلطة على أن ينتهك حرمة النقابة". واستطرد الشرنوبي في مقال له نشرته جريدة "الأهرام" في وقت سابق: "رغم اختلافي حينها مع النقيب الأستاذ مكرم محمد أحمد فإنه لم يسمح بأن تقتحم قوات الأمن نقابة الصحفيين لتصبح سابقة تاريخيه ترتبط باسمه،ومضت تلك الأيام وأصيبنا بمسئولين لايدركون من تبعيات القرار إلا آليات تنفيذه، ولا يعرفون منطقًا للإدارة إلا شعار أهل البركة, ولا يستشعرون خطورة محدقة بالأوطان إلا تلك التي تطال مستقبل بقاءهم على كراسيهم، وتجسد هذا الآن بعد أن قرر داخلية اللواء مجدي عبد الغفار أن تقتحم نقابة الصحفيين عشية اليوم العالمي لحرية الصحافة، ثم بعدها تصدر بياناً كعادتها- يؤكد أن الوزارة لم تقتحم". وفي سياق متصل، قال جمال عبدالرحيم سكرتير عام نقابة الصحفيين, إن مكرم محمد أحمد شارك مع أعضاء مجلس النقابة خلال فترة تولية منصب النقيب في إيواء الزميل عبدالجليل الشرنوبي رئيس تحرير موقع أخوان اون لاين السابق بمقر نقابة الصحفيين الكائن 4 شارع عبدالخالق ثروت دائرة قسم قصر النيل (القاهرة ) في الفترة من 12 مارس إلى 18أبريل 2008 . وأضاف عبد الرحيم أن الفعلة تمت بمشاركته وأعضاء المجلس وقتها وهم، صلاح عبد المقصود وعبدالمحسن سلامة وحاتم زكريا وجمال فهمي ويحي فلاش ومحمد خراجة وعلاء ثابت وهاني عمارة وعبير سعدى ومحمد عبد القدوس وياسر رزق.