قالت مصادر كنسية إن هناك اتجاه كبير داخل الكنيسة حاليا لدفن جثمان البابا شنودة في دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون. وأضافت المصادر أن البابا سيبقى في مقر الكاتدرائية بالعباسية لمدة ثلاثة أيام حتى يلقى أحبائه نظرة الوداع عليه، قبل أن يتم نقله إلى الدير لدفنه. وكان الراحل يقيم في قلايته بدير الأنبا بيشوي نصف الأسبوع والنصف الأخر يقضيه بالمقر البابوي.