سافر نابليون إلى فرنسا سراً بعد فشلة في حصار عكا تاركاً كليبر قائداً للحملة على مصر التي صارت في مهب المخاطر ومنها خطر البريطانيين والمماليك والعثمانيين، وعلى خلفية هذا النزاع المتعدد على مصر انتهز المصريون الفرصة للخلاص من الفرنسيين، فكانت ثورة القاهرة الثانية التي اندلعت «زي النهارده» في 20 مارس 1800 حيث هاجموا معسكرات الجيش الفرنسى، ورغم أن أهل بولاق لم يساهموا بوضوح في ثورة القاهرة الأولى في أكتوبر 1798 إلا أنهم هم الذين فجروا ثورة القاهرة الثانية بقيادة مصطفى البشتيلى وهو من أعيان بولاق. كما لعب أعيان القاهرة وتجارها وكبار مشايخها دوراً كبيراً فخرج عمرمكرم نقيب الأشراف وأحمد المحروقى كبير التجار على رأس الثوار، فلما عاد كليبر للقاهرة بعد انتصاره على العثمانيين في عين شمس وجد الثورة مشتعلة وتحولت الكثير من الأماكن إلى حصون وقلاع، فقرر القضاء على ثورة القاهرة حتى ولو اضطر إلى إحراق القاهرةوفى 14 أبريل 1800 بدأ هجومه على بولاق وأخذ يضربه بالمدافع، وكانت مداخل الحى مُحصنة والثوار مُتحصنين خلف المتاريس وقاموا بإطلاق النار ولكن المدفعية الفرنسية كانت أقوى وأضرموا النار في مبانى الحى، ومات العشرات، واضطر المشايخ والعلماء للتوسط حقنا للدماء فاتهمهم الثواربالخيانة وشتموهم وضربوهم ورموا عمائمهم لكن العلماء واصلوا مساعيهم لحقن الدماء إلى أن تم التوصل لاتفاق في 21 أبريل 1800 مقابل العفو عن سكان القاهرة والثوار أيضا.
