رصدت المفوضية المصرية للحقوق والحريات 340 حالة اختفاء قسري بين أغسطس ونوفمبر 2015 أي بمعدل ثلاث حالات يوميا. وأكدت المفوضية في تقرير لها مساء الثلاثاء، بعنوان «المختفون قسراً.. في انتظار إنصاف العدالة» ان المفوضية استعانت باستمارة تبليغ عن حالات الاختفاء القسري من خلال حملة «أوقفوا الاختفاء القسري»، وتناول التقرير توضيحاً لأنماط جريمة الاختفاء القسري من 2013 حتى2015. وخلص التقرير إلى تورط بعض الأجهزة الأمنية التابعة لوزارة الداخلية في اختطاف أشخاص وإخفائهم بمعزل عن العالم الخارجي في أماكن احتجاز سرية. وأكد التقرير أن جريمة الاختفاء القسري تعد جريمة ضد الإنسانية إذا مورست بشكل منهجي أو واسع النطاق، وأن الطريق إلى إرساء قيم العدالة ودولة القانون لا يمكن أن تشوبه جرائم ضد الإنسانية كالاختفاء القسري. ووفقاً للشهادات التي جمعتها المفوضية المصرية للحقوق والحريات، فقد تعرض المحتجزون خلال فترات اختفائهم لأساليب مختلفة من التعذيب وسوء المعاملة والحاطة بالكرامة الإنسانية من أبرزها الصعق بالكهرباء، والتعليق من اليد والرأس لأسفل، وتعليق الضحية كالذبيحة،و التهديد بالاعتداء الجنسي وذلك بغرض انتزاع اعترافات أو جمع معلومات عن أفراد أو كيانات تقوم بتنظيم التظاهرات أو مشتبه بصلتهم بهجمات إرهابية. وأفاد التقرير إلى ان الضحايا ظلوا خلال فترة احتجازهم معصوبي العينين ومقيدين اليدين في ظروف احتجاز قاسية، كما لفت التقرير إلى أن بعض الحالات التي تعرضت للاختفاء القسري في أعقاب الأحداث التي تلت 30 يونيو 2013 ما يزال مصيرهم مجهول حتى الآن. وشرح التقرير كيف تفاقمت ظاهرة الاختفاء القسري في مصر وكيف أصبحت جريمة تشكل تهديداً بالغاً للمجتمع وعصفا بسيادة الدستور والقانون، وكيف أعطت السلطة الضوء الأخضر لضباط الأمن الوطني لممارسة التعذيب بحق الأشخاص دون محاسبة أو رقابة من الجهات القضائية. فلم يفرق قطاع الأمن الوطني بين طفل وبنت وشاب وكهل، ولم يفرق أيضاً بين منتمي لحزب أو مجرد عابر سبيل، حيث تعرضت تلك الفئات المختلفة لجريمة الاختفاء القسري. ولفت التقربر إلى أن المفوضية اعتمدت في تقريرها على إجراء مقابلات مع بعض ممن نجوا من جريمة الاختفاء القسري وكانوا محتجزين بمقار احتجاز. كما قامت المفوضية بإجراء مقابلات شخصية مع ممن تعرض ذويهم للاختفاء القسري وكانوا قد تقدموا بشكاوى وبلاغات للنائب العام تفيد باختفاء ذويهم على أيدي الأمن الوطني أو الجيش، كما قامت المفوضية بإجراء مقابلات مع محامييٍ الضحايا. ونوه التقرير إلى أنه لم يتطرق لتفاصيل التهم التي تم توجيهها لبعض ضحايا الاختفاء بعد ظهورهم. وتناول التقرير أيضاً الآثار الناجمة عن جريمة الاختفاء القسري، حيث تعيش أسرة المختفي بين حيرة وقلق دائم في حالة عدم معرفة مصيره وتحديداً إذا كان الشخص الذي تم اعتقاله هو عائل الأسرة فتتضاعف أعباء الأسرة وتلجأ الأم أو الزوجة إلى تحمل المسؤولية وحدها من أجل تماسك قوام الأسرة.
