اختلفت آراء خبراء القانون حول مدى قانونية قرار الحكومة باعتبار جماعة الإخوان تنظيما إرهابيا، ففى حين قال بعضهم إن القرار صحيح، لكن يمكن لأي من أفراد الجماعه الطعن عليه أمام محكمة القضاء الإداري، أكد آخرون أن القرار لا قيمة له من الناحية القانونية، مؤكدين أنه حال الطعن عليه، سيقبل الطعن من أول جلسة. قال المستشار فؤاد السيد، القاضي بمحكمة استئناف القاهرة، إن قرار الحكومة باعتبار جماعة الإخوان تنظيما إرهابيا، سليم من الناحية القانونية، لاستناده إلى حكم قضائى بحظر جماعة وجمعية الإخوان، فضلاً عن الغضب الشعبى حيال الجماعة، لما ترتكبه من أعمال عنف فى الشارع. وأفاد المستشار على يوسف، القاضى بمحكمة جنايات القليوبية، أنه وفقًا لقرار الحكومة، فإن كل من ينتمى للإخوان يعتبر منضما إلى منظمة غير شرعية محظورة، وهي جريمة يجوز محاكمته عليها. وأوضح أنه لكي تعتبر جماعة الإخوان منظمة إرهابية عالمية، يجب صدور حكم قضائى نهائى من القضاء المصرى بذلك، على أن تعد الدولة مذكرة بذلك تقدمها للأمم المتحدة، لإدراج الجماعة على قوائم الإرهاب. وطالب المستشار فؤاد راشد، القاضي بمحكمة استئناف القاهرة، المستشار عدلى منصور رئيس الجمهورية المؤقت، بالإسراع فى إصدار قرار بقانون يجرم الانتماء إلي الجماعة، أو التعاون معها. وأشار إلى أنه بمجرد صدور قانون باعتبارها جماعة إرهابية، ستكون هناك ملاحقات قضائية وقانونية للإخوان وكل من يتعامل معهم، مناشدا الرئيس بأن يبادر بالاستجابة لرغبات الشعب، ويصدر القرار تجاوبا مع الواقع ورغبات الجميع. وقال إنه في حال تقديم شخص للمحاكمة بتهمة الانتماء لجماعة إرهابية غير مشروعة، يجب أن تقدم للمحكمة كافة الدلائل والقرائن التي تثبت انتماءه لها، ويكون الفصل فى ذلك للقضاء. وأكد المستشار على عبد الرؤوف، القاضى بمحكمة استئناف الإسكندرية، أن قرار مجلس الوزراء باعتبار الإخوان جماعة إرهابية سليم قانونيا، وله ظهير قضائى وتشريعى، إذا وضعنا فى الاعتبار الحكم الصادر من محكمة القاهرة للأمور المستعجلة بحظر جماعة وجمعية الإخوان. واشار «عبد الرؤوف» إلى أن القرار جاء متأخرًا، ويعد استجابة لما سبق أن نادت به الجماهير في الشوارع بحل الجماعة واعتبارها إرهابية، وأضاف: «الأهم من القرار نفسه هو تطبيقه على أرض الواقع، حتى يدرك الشعب أن هناك حكومة قادرة على أن توفر له الحماية بالشكل الذى يتناسب مع حجم إرهاب فترة حكم الإخوان، أو منذ نشأة الجماعة فى 1928 وحتى الآن». وأكد أن القرار له ظهير قضائي، هو الحكم الصادر من محكمة القضاء الإدارى فى 1992، الذى قضى بمشروعية قرار مجلس قيادة الثورة بحل جماعة الإخوان، كما أن له ظهير تشريعي في المادة 86 وما بعدها من قانون العقوبات، وظهير شعبي في كل المظاهرات التى خرجت تطالب بحل الجماعة ومحاكمتها، وآخرها مظاهرات أهالي المنصورة. وقال الدكتور محمود كبيش، عميد كلية الحقوق بجامعة القاهرة، إن مفهوم الإرهاب حدد وفقًا للمادة 86 من قانون العقوبات، وما يليها من نصوص، وتعتبر الأعمال والممارسات التي ترتكبها جماعة الاخوان، والمنتمين لها في البلاد وخارجها، جرائم تدخل في هذا المفهوم يقينا، ويترتب عليها أن هذه الجماعة ترتكب جرائم ارهابية. وأضاف أن مجلس الوزراء لم يفعل أكثر من أنه كشف عن حقيقة قانونية لمن لا يعرفها من العامة، وهي أن جماعة الإخوان ترتكب كافة الجرائم الإرهابية التي نصت عليها المادة 86 من قانون العقوبات، وما يليها. وأكد «كبيش» أنه يتعين على الدولة، بعد إعلان حقيقة الجماعة، اتخاذ كافة الخطوات التي تضمنتها الاحكام الدولية في هذا الشأن، مضيفًا:« لدينا قرارات الأممالمتحدة، وقرار مجلس الامن في 2001، ويلزم الدول بألا توفر ملاذًا للجماعات الارهابية، وأن تتخذ اللازم نحو وقف وحظر تمويل انشطتها، إضافة إلى معاقبتها وتجميد أموالها، واتخاذ الإجراءات اللازمة نحو تبادل المعلومات مع الدول الأخرى في هذا الشأن». ولفت الى ان نصوص قانون العقوبات الحالية، كافية من ناحية الآثار الجنائية، لاتخاذ ما يلزم نحو ما يترتب على أفعال وممارسات الجماعة الإرهابية «فتلك النصوص كافية لتجريم تلك الأفعال، واتخاذ كافة الاجراءات الجنائية تجاه مرتكبيها، لكنها ليست كافية، إذا تطلب الأمر إعداد قانون لحرمانهم من مباشرة حقوقهم السياسية». فى المقابل، قال المستشار أحمد مكي، وزير العدل الأسبق، إن قرار مجلس الوزراء لا قيمة له في ظل الاعتقالات التي تشنها الدولة لقيادات وأعضاء جماعة الإخوان، حسب قوله. وأضاف :« من الناحية القانونية، من حق الإخوان الطعن عليه، وسيقبل الطعن من أول جلسة، لأنه ليس من حق الحكومة أن تصدر أحكامًا ضد أي جماعة».
