شنت اللجنة التشريعية فى مجلس الشعب، هجوماً حاداً على الجهاز المركزى للمحاسبات، قاده النائبان الدكتور زكريا عزمى والدكتورة آمال عثمان، رئيسة اللجنة، اللذان اتهما الجهاز بالتدخل فى شؤون القضاء والنيابة العامة. كان المركزى للمحاسبات قدم تقريراً عن أداء وزارة العدل والهيئات القضائية والأجهزة المعاونة لها، عن الفترة من يوليو 2007 إلى 30 يونيو 2008، واعتبر الدكتور زكريا عزمى أنه تضمن تعليقات على الأحكام القضائية، ووصف ذلك بأنه أمر خطير، وتدخل صريح فى شؤون سلطة القضاء. واعترضت الدكتورة آمال عثمان على تقرير الجهاز وطلبت إعادة صياغة الفقرات التى تتضمن تدخلاً فى أعمال السلطة القضائية وتعقيباً على قرارات المحاكم والنيابة، وأوصت بأنه من الأفضل أن يبلغ الجهاز النائب العام عن الحالات الفردية التى يرى فيها مخالفات. وأيدها المستشار عزت السيد، مساعد وزير العدل، قائلاً: «إن النائب العام صاحب الحق فى تحريك الدعوى الجنائية واتخاذ ما يراه مناسباً». وقال النائب محمد دويدار إن مهمة الجهاز تنحصر فى التصرفات المالية، أما قرارات النيابة فتخضع لسلطة القضاء، واتهم الجهاز بتجاوز اختصاصاته وفرض الوصاية على وزارة العدل. ورد مندوب المركزى للمحاسبات، بأن الجهاز يعد رقابة لاحقة لا سابقة، ونفى تهمة التدخل فى أحكام القضاء، إلا إذا ترتبت على الحكم آثار مالية نتيجة خطأ إدارى. وقال الدكتور زكريا عزمى: «نقدر دور الجهاز، لكن يجب احترام الحدود الفاصلة بين السلطات»، وقرأ عزمى صفحة من تقرير الجهاز تضمنت تأكيداً على أن النيابة العامة قدمت وصفاً مغايراً لما ورد فى محضر ضبط قضية مصنفات فنية مقلدة. وجاء الحكم فى القضية باعتبارها «حيازة أقراص مخدرة» وترتب على ذلك تحريك الدعوى ضد متهم واحد، وأفلت منها 6 آخرون، وعلق مندوب الجهاز على أن المحاسبات تدخل فى تلك القضية، لأن فيها جانباً مالياً، على اعتبار أن عقوبة حيازة مصنفات فنية مقلدة 5 آلاف جنيه، أما حيازة الحبوب المخدرة فعقوبتها 100جنيه فقط.
