حالة من التخبط والقلق أصابت العديد من رجال الدين الأقباط، بعد تسرب أخبار من داخل المقر البابوى عن عزم البابا شنودة محاكمة بعض الكهنة والأساقفة، بينهم – حسبما تردد - سكرتير مكتبه «الأنبا أرميا»، وذلك بهدف «إصلاح البيت من الداخل» بعد أن كثرت المشاكل وزاد الاختراق البروتستانتى للكنيسة القبطية، وفق ما أكدته مصادر كنسية. وأكد نجيب جبرائيل، رئيس الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان، أنه قام بالاتصال بالمقر البابوى للاستفسار عن وضع القمص مكارى يونان، كاهن الكنيسة المرقسية، بعد انتشار شائعات عن قرب محاكمته، خاصة عقب الهجوم الذى شنه الأنبا بيشوى عليه فى مؤتمر تثبيت العقيدة، واتهامه له باعتناق الفكر البروتستانتى. وقال جبرائيل: «تحدثت مع الأنبا يؤانس، سكرتير البابا الشخصى، والأنبا مكسيموس، الأسقف العام، فى هذا الشأن، فأكدا لى أن البابا شنودة ليست لديه النية مطلقاً لمحاكمة يونان، خاصة أنه ملتزم بكل تعاليم الكنيسة الأرثوذكسية، كما أشادا بخدماته المثمرة». وأرجع جبرائيل اتهام يونان بالخروج عن الأرثوذكسية، إلى مساع من البعض للوقيعة بين قيادة الكنيسة وبعض الرموز التى لها بصمات ونجاحات كبيرة أمثال القمص مكارى يونان - حسب قوله. من جانبه أكد القمص مكارى يونان – ل«المصرى اليوم» - أنه سمع بنفسه كلام المطران الذى دأب على مهاجمته، وقام بتلفيق حكايات حوله، لكنه لا يحب أن يذكر اسمه. وقال: «يكفينى ما قاله البابا شنودة عنى منذ 3 أيام فقط فى لجنة البر أمام 100 شخص حيث قال إننى لا غبار علىَّ ولا عيب فى عظاتى وأننى أقوم بإخراج الشياطين، وهذا أكبر دليل على براءتى من الاتهامات الكاذبة المنسوبة لى». وأكد يونان أن هجوم هذا المطران عليه «لا يزيد عن كلمات جارحة وخارجة»، لكنه لا يأتى فى هجومه بأى مخالفات عقائدية، أو حتى روحية. وأضاف: «كفانا حديثاً عن الغزو، وعلينا إظهار كنيستنا للغير بصورة روحانية بدلاً من الشتائم والتقبيح وذكر الأسماء علناً على الملأ، سواء فى المؤتمرات أو الجرائد والقنوات الفضائية». من جهة أخرى، يسعى بعض الأساقفة الكبار للتوسط لدى البابا شنودة لمنع محاكمة الأنبا أرميا أو نقله فى الفترة المقبلة، حتى لا يزداد الحديث الدائر عن الانقسامات الكنسية. وأكد أحد أساقفة الكنيسة أن عدداً من الأساقفة سيلتقى البابا قريباً لتوضيح حقيقة الأمر له، وإظهار حسن نية الأنبا أرميا وسلامة موقفه، مشيراً إلى أنهم لن يتحدثوا عن شائعة وفاة البابا، وإن كان للأنبا أرميا يد فيها من عدمه، وذلك لحساسية هذا الموضوع ومعرفتهم بغضب البابا عند سماعه.