حذر الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر من إقامة أية مساجد طائفية لمذهب أو فئة بعينها، تنعزل عن سائر الأمة وتشق الصف خاصة ما سميت بالحسينيات، معلنا أن الأزهر ليس في حالة عداء مع أي دولة إسلامية لكنه يرفض أي محاولة تهدف إلي بناء دور عبادة لا تسمى باسم المسجد أو الجامع لتزرع الطائفية وثقافة الكره أو الإساءة لأصحاب رسول الله صلى الله عليه وسلم. وأوضح الطيب أثناء لقائه بالشيخ محمد حسان الأحد أن هذه الفتنة تهدد الوحدة الروحية والاجتماعية لمصر و تكشف عن نزعة طائفية لا يعرفها أهل السنة والجماعة في مصر، مضيفا أن الأزهر والمصريين المصريين هم أكثر شعوب الأرض قاطبة حبًا واحترامًا وإجلالا لآل بيت رسول الله صلى الله عليه وسلم وصحابته الكرام ولا يقبلون في ذلك مزايدة ولا احتيالا.ً وأضاف أن الأزهر حافظ على عقيدة أهل السنة من التحريف وانتحال المبطلين وأبوابه مفتوحة لكل المسلمين بغض النظر عن مذاهبهم الفقهية أو انتماءاتهم السياسية، مضيفا أن الدين يقوم على كلمة التوحيد والنطق بالشهادتين ولا يشق عن القلوب، أو يفرق بين الناس وأن المسجدُ هو عنوان هذه الوحدة الجامعة ولهذا أوجب الفقهاء أن تفتح المساجد أبوبها للمؤمنين كافة حتى تصح الصلاة فيها، وتنعقد فيها الجماعة.