كشف تقرير للجهاز المركزي للمحاسبات بمحافظة قنا عن ضعف شديد وقصور في نظام الرقابة الداخلية والضبط الداخلي المطبق علي كل أوجه أنشطة شركة مياه الشرب والصرف الصحي بقنا، فضلا عن تبعية إدارة المراجعة لرئيس القطاع المالى وعدم قيامها بمهامها علي الوجه الأكمل.. وذكر التقرير أنه تم صرف بدلات سفر ومبيت بالكامل بالمخالفة للمادتين "47"و"48" من لائحة نظام العاملين بالشركة والتي تقضي بصرف نصف قيمة السفر والمبيت في حالة توفير الإقامة والإعاشة، وكذلك صرف بعض الانتقالات الداخلية بالخطأ وذلك للدورات التدريبية التي ينظمها مكتب "كيمونكس" بالقاهرة، حيث تم توفير تلك المزايا من المكتب المشار إليه. وكشف التقرير عن أن السفر بالطائرة أو قطار النوم يكون علي حساب الشركة، في حين يتم صرف قيمة السفر بقطار النوم من مكتب آخر بالقاهرة لرئيس مجلس الإدارة ورئيس القطاع المالي وصرف انتقالات داخلية دون مبرر للمهندسة، رئيس قطاع التخطيط ورئيس القطاع المالي، وقيام رئيس القطاع المالي بتجاوز مدد المأموريات والسفر قبل بدء الدورة بيومين أو ثلاثة وصرف أجر مضاعف عن يوم "السبت"، في حين تبدأ المأمورية يوم "الأحد"..