ولد يوسف جبرائيل شاهين بالإسكندرية في 25 يناير عام 1926 لأسرة من الطبقة الوسطى، لأب مصري من أصول لبنانية بمدينة زحلة وأم من أصول يونانية، لذلك أتقن عدة لغات كان يتم التحدث بها في بيتهم مع أسرته. درس شاهين بمدرسة "فيكتوريا كوليدج"، والتي كانت تضم نخبة كبيرة من أبناء الأثرياء، وعلى الرغم من قلة موارد أسرته المالية إلا أن والده أصر على إلحاقه بمدرسة "أولاد الذوات" بعدما رأى طموحاته التي فاقت مستواه العُمري. صورة نادرة ليوسف شاهين وهو في فيكتوريا كوليدج سافر بعدها المخرج العالمي إلى الولاياتالمتحدةالأمريكية، ضمن بعثة لمدة عامين بمعهد "Pasadena Play House" المسرحي، حيث درس هناك الفنون الدرامية و صناعة الأفلام. الجدير بالذكر أن عبقرية شاهين لم تكن لتسمح بالظروف المعيشية التقليدية أن توقف نجاحه الفطري، فعشق للسينما لم يكن عاديًا، لذلك لم يحرمه والده من نيل قسط وافر من التعليم كأقرانه، يؤهله بعد ذلك لمنحة دراسية بأمريكا.