اتهم مسؤولون أمريكيون حكومة الرئيس محمد مرسى باتخاذ خطوات سرية للسيطرة على مؤسستي، الجيش والشرطة، في إطار حملها لتمكين جماعة الإخوان المسلمين من السيطرة على البلاد. وأكد المسئولون في تصريحات " لصحيفة واشنطن تايمز"، والمطلعون على تقارير مخابراتية، أن قرار الحكومة الإسلامية الجديدة فى مصر بقبول أعضاء الجماعة والجهاديين المتشددين للانضمام للكليات العسكرية، لأول مرة، بمثابة ستار لجهودها لفرض الحكم الإسلامي بمصر. وأوضحت الصحيفة نقلا عن مسئول أمريكى قوله إن انفتاح المؤسسة العسكرية لقبول العناصر الإسلامية سيؤدى إلى تغيير كبير ومعقد. وعلى الجانب الأخر أكدت الصحيفة الأمريكية، المخابرات الأمريكية تحقق حاليا في تقارير تتهم مرسي بعقد اتفاقاً سرياً مع "حركة حماس"، ونبهت الصحيفة إلى وجود خطوات جادة تتم فى مصر ل "أخونة" الشرطة والجيش، معربة عن مخاوفها من أن ينطوى الاتفاق على السماح للفلسطينيين بالإقامة في سيناء، رغم معارضة الجيش لهذا الأمر.