اقترح الحوثيون إشراك تنظيم القاعدة باليمن في مباحثات جنيف، وهو الاقتراح الذي يؤكد الشكوك حول انعدام جدية الحوثيين في المباحثات، حيث قال "توفيق الحميري" القيادي في حركة أنصار الله الحوثية إن "تنظيم القاعدة أحد أطراف الصراع الدائر في اليمن"، معربا عن اندهاشه لعدم حضور ممثل للتنظيم في مشاورات جنيف التي ترعاها الأممالمتحدة من أجل التوصل لحل للأزمة اليمنية، وقال في نفس الوقت، أن حركته على استعداد للانسحاب من مدن بينها عدن وتعز بشرط واحد وهو "أن تضمن لنا الأممالمتحدة خلع ومصادرة سلاح تنظيم القاعدة في اليمن". وقالت مصادر دبلوماسية حضرت اجتماعات جنيف حول الملف اليمني إن مقربين من المبعوث الأممي "إسماعيل ولد الشيخ أحمد" أكدوا أن وفد الحوثي كان يتهرب من إبداء رأيه في النقاط التي طرحت للنقاش، وهو ما أثار الانطباع لدى المفاوضين الأمميين بأن المتمردين لم يحملوا معهم تفويضا للخروج بأيّ التزام، وأنهم جاءوا لجنيف فقط حتى لا يقال إنهم قاطعوا الحوار، أو لربح الوقت بانتظار أن يطول أمد الحرب ويضع السعودية وحلفاءها اليمنيين في ورطة. وسبق للوفد الحوثي خلال مباحثات صنعاء عاصمة سلطنة عمان أن اقترح الانسحاب من مدن جنوبية وتسليمها للقياديين الجنوبيين "علي سالم البيض" و"علي ناصر محمد" اللذين تربطهما علاقة قوية بإيران ودمشق، بحسب ما تم تسريبه عن المفاوضات، واعتبر المحللون السياسيون أن الهدف من هذا الاقتراح هو شق صفوف المقاومة في الجنوب وتحويل الصراع بينها وبين الحوثيين إلى صراع بين أبناء الجنوب، موضحين أن اللعب على كسب الوقت والتهرب من تحقيق أي نتائج هو أسلوب دأبت على اعتماده إيران في المفاوضات حول ملفها النووي، وأنها تدفع الحوثيين لاعتماد نفس الأسلوب لمنع التوصل إلى حل في الوقت الراهن باليمن. وفي اجتماعات جنيف كان وفد الحوثي يعطي المقترح ونقيضه في الاجتماعات، فبعد أن قبل بالانسحاب من مدينة عدن عاد ليشترط أن يتم تسليمها للحراك الجنوبي وليس لحكومة خالد بحاح المدعومة سعوديا، وهو الأمر الذي أثار غضب الوفد الحكومي الذي تمسك باعتراف المتمردين بالقرار الأممي 2216 الذي يطالب بتسليم المدن إلى الحكومة.