أطاح الباب ا تواضروس الثاني - بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية بكل من الأنبا بيشوي، سكرتير المجمع المقدس السابق والأنبا يؤانس سكرتير قداسة البابا شنودة الثالث - بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية السابق، الذي تنيح في 17 مارس 2012 بعد ان أوحى اليه الانبا رافائيل سكرتير المجمع المقدس الحالي بضرورة عمل تقسيم جديد لأسقفية شبرا وهو ما أعقبه فكرة رسم اساقفة جدد وآباء كهنة على شبرا . وأفادت مصادر أن الذي عكف على إعداد هذا التصور هو الأنبا باخوميوس، مطران البحيرة وتوابعها، والأنبا رافائيل، أسقف كنائس وسط القاهرة وسكرتير المجمع المقدس، والأنبا كيرلس، أسقف ميلانو والنائب البطريركى بكنائس أوروبا وهو ما أطاح في النهاية بسكرتير المجمع المقدس السابق الأنبا بيشوي - مطران دمياط والبراري ورئيس دير القديسة دميانه ، والأنبا يؤانس سكرتير البابا شنودة الثالث من كنائس شبرا بعد التقسيم الذي لجأ اليه بعمل تنظيم جديد لابرشية شبرا . البداية كانت بتقسيم أسقفية شبرا الى ابرشيتين، هي أبرشية شبرا الشمالية والجنوبية ، تضم ابرشية شبرا الشمالية كنائس الخمراوية ، ما مرقس ، الحافظية، العذراء والملاك الخلفاوي ، ولم يرسم لها احد حتى الان ، اما ابرشية شبرا الجنوبية والتي رسم عليها الانبا مكاري أسقفا في دفعة الأساقفة التي رسمها الباب مؤخراً وتشمل حوالي 13 كنيسة. منها مارمينا، الانبا أنطونيوس ، العذراء الوجوه، مارجرجس الجيوشي، مارجرجس جزيرة بدران، العذراء مسرة ، العذراء عياد بيه ، الانبا إبرام، المحبة ، العذراء روض الفرج ، الملاك طوسون. وكان الانبا يؤانس سكرتير البابا شنودة الراحل رئيساً لمجلس إدارة كنيسة مارجرجس جزيرة بدران التي تتبع ابرشية شبرا الجنوبية مما دفع الانبا مكاري الى إقالته منها وفقا لهذا التقسيم الجديد ، اما الانبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس السابق فقد تمت الإطاحة به من كنيسة الانبا أنطونيوس بشبرا والتي تتبع نفس الابرشية . جدير بالذكر ان أنباء تناقلت حول أسباب هذا التقسيم الجديد للإطاحة بهذين الأسقفين جراء ما تناقلته الاخبار حول تورط الانبا يؤانس في مشكلات رفعت الى قداسة البابا وبخاصة ملف هايدي غبريال وعلاقته بمشكلات أثيرت حول أملاك الكنيسة القبطية الأر ثوذوكسية، وما أشيع حول خلافاته مع اساقفة بعد استبعاده من الترشح للكرسي البابوي. اما الانبا بيشوي وهو صاحب الحظ الكبير من القضايا الخلافية والجدل خاصة ما يتعلق بتكفير الاخرين والهجوم على الاسلام والقرآن وما دار حول دير قديسة دميانه من مشاكل في الآونة الاخيرة والمحاكمات الكنسي التي كان يقدم لها الأساقفة والكهنة ما أوجد نوعا من السخط الحاد تجاهه بعد عدة شكاوى وصلت للبابا الجديد تطالبه بالتطهير .
