حصلت كلية الطب بالقوات المسلحة على شهادة الأيزو 21001 لسنة 2018 نظام إدارة الموسسات التعليمية الخاص بمراجعة كافة العمليات المتعلقة بجودة العملية التعليمية، كما حصلت على شهاده الأيزو 22000 لسنة 2018 نظام إدارة سلامة الأغذية الخاص بمراجعة جميع العمليات الخاصة بتصنيع الأغذية، طبقا لمعايير ومتطلبات مواصفة الأيزو الدولية. يأتي ذلك فى إطار حرص القوات المسلحة على الإرتقاء بالمنظومة التعليمية داخل الكليات والمعاهد العسكرية.
كلية الطب بالقوات المسلحة تحصل على شهادات الاعتماد الدولية للمواصفات المختلفة "الأيزو" وفى ذات السياق قامت الكلية بتجديد شهادات الأيزو التى سبق الحصول عليها وهى الأيزو 9001 لسنه 2015 نظام إدارة الجودة والأيزو 14001 لسنه 2015 نظام إدارة البيئة والأيزو 45001 لسنه 2018 نظام إدارة السلامة والصحة المهنية. وأكد اللواء طبيب أيمن محمد شوقي مدير كلية الطب بالقوات المسلحة حرص القيادة العامة للقوات المسلحة، توفير الإمكانات لتطوير المنظومة التعليمية والبحثية داخل الكلية بما يمكنها من آداء مهامها فى تخريج أجيال من الضباط الأطباء فى كافة التخصصات تحقيقاً لروية مصر 2030 بتقديم تعليم ذو جودة متميزة فى مختلف التخصصات الطبية ومواكبة كل ماهو جديد في علوم الطب الحديثة.