منذ اللحظة الأولى لوصول الرئيس مرسي لكرسي الحكم، كان متوقعًا أن يضع في مقدمة أولوياته مهمة تصفية جهاز أمن الدولة، وتغيير توجهاته وتصفية عناصره، فعلاقة الإخوان كجماعة سرية بجهاز أمن الدولة شائكة، ولا تخلو من الصفقات والطعنات. تاريخ الإخوان الطويل في العمل السري، جعل علاقتهم بقضايا الأمن ملتبسة، فرؤيتهم للقضايا الأمنية تتعارض في كثير من الأحيان مع رؤية أي حكومة محترفة للأمور الأمنية، لذلك لم يكن غريبًا أن تغتال الجماعة مؤسس جهاز الأمن السياسي، سليم زكي، في النصف الأول من القرن الماضي. هذه الجريمة شكلت نقطة التحول الكبرى في علاقة الجماعة بأجهزة الأمن منذ تأسيسها عام 1928 حتى قيام أتباعها بحرق واقتحام مقار جهاز مباحث أمن الدولة بعد ثورة 25 يناير، وما ترتب عليها من انهيار شامل لوزارة الداخلية وأجهزتها المختلفة. اغتيال الخازندار جاء اغتيال المستشار أحمد الخازندار، أمام منزله على يد شابين من الإخوان، بمثابة جرس إنذار يحذر من خطورة هذه الجماعة على أمن البلاد، مما دفع وزارة الداخلية إلى إنشاء قسم خاص لجماعة الإخوان المسلمين بوزارة الداخلية يضم كل شيء عنها وعن تحركاتها وقياداتها، بعد أن ظل ذلك من الأسرار المجهولة لأجهزة الأمن في ذلك الوقت. لقد نجحت المباحث العامة في إشعال الصراع حول المرشد واخترقت الجماعة، وسيطرت على عدد من كبار قادة الجماعة وحققت نجاحًا كبيرًا بتوسيع المواجهة بين المرشد وبعض الأعضاء، ففي 21 أكتوبر 1954 قام مجموعة من الأعضاء بإصدار بيان اعتبروا فيه المرشد في إجازة مفتوحة وإقالة مكتب الإرشاد، وشكلوا لجنة مؤقتة لإدارة شئون الجماعة برئاسة نائب المرشد محمد خميس حميدة . خطيئة السادات بعد وصول الرئيس الأسبق أنور السادات للحكم، أمر كل الأجهزة الأمنية بعدم التعرض للإخوان في أي نشاط يقومون به، ولكن جاء الصدام مبكرًا، فشنت مجلة الدعوة في ديسمبر1977 هجومًا حادً على السادات وعلى قيادات وزارة الداخلية وفي يناير 1979 اتهمت المجلة وزارة الداخلية بأنها تسعى بالتخطيط مع المخابرات الأمريكية والإسرائيلية لضرب الاتجاه الإسلامي في مصر. وخرج المارد، ونجح في اغتيال السادات، وفشل وزير الداخلية في حينها النبوي إسماعيل في حماية الدولة أو النظام من الخطر، وكانت حجته عدم وجود أي بيانات عن تلك الجماعات. كان حامد أبوالنصر، المرشد الرابع، شديد الهدوء، في حين أن اللواء زكي بدر كان غاية في العصبية والحدة، وكان مثار انتقاد كل السياسيين، وقد تمت الإطاحة به من الوزارة عقب قيامه بسب قيادات المعارضة الموجودة بمن فيهم إبراهيم شكري، ومصطفى كامل مراد، ووصل إلى أن سب الإخوان وحسن البنا. الضربة القاصمة قبل أن يرحل حامد أبوالنصر، تلقت جماعته ضربة من العيار الثقيل، ففي عام 1995 وفي عهد اللواء حسن الألفي، تم توجيه ضربة قاصمة إلى جماعة الإخوان المسلمين أدت إلى كشف كل شيء عن الجماعة وعرفت أجهزة الأمن كل ما لم تكن تعرفه عن الإخوان بعد أحداث قضية “,”سلسبيل“,” وبها تم اقتياد خيرت الشاطر إلى المحكمة ومعه عدد كبير من أبناء الجماعة، وتعد تلك القضية من أهم القضايا التي نجح فيها جهاز الأمن في توجيه أكبر عملية اختراق إلى داخل الجماعة . ولم يكن يعلم من قام بتنفيذ حادث الأقصر، أنهم سوف يأتون إلى وزارة الداخلية بالعادلي.. فعقب حادثة الأقصر 1997 تم صدور قرار بإقالة حسن الألفي وتولي العادلي. وتزامن تولي عاكف، مرشدًا للجماعة، صعود الإخوان ب 87 مقعدًا للبرلمان، وعقد عاكف ورجال مكتب الإرشاد صفقة اعترف عاكف نفسه بها وشملت عدد مرشحي الإخوان للمعركة في 2005، وفي فترة المرشد عاكف مع الوزير حبيب العادلي، كانت قضية ميليشيات الأزهر في نهاية 2006، وقضية غسيل الأموال في 2009، وكانت فترة عاكف ساخنة رغم ما بها من صفقات. ومع تولي محمد بديع قيادة الجماعة في 14 يناير 2010 حدث انقسام وخروج محمد حبيب، النائب الأول للمرشد، وشهد القضية رقم 202 لسنة 2010 حصر أمن دولة عليا والتي اتهم فيها عصام العريان ومحمود عزت بتهمة تكوين تنظيم عسكري، مما صعد المواجهة بين الجماعة والأمن. بعد ثورة يناير تغير اسم الجهاز من أمن الدولة إلى جهاز الأمن الوطنى، وبعد انتخاب مرسي رئيسًا لمصر، تغيرت أمور كثيرة، وأصبح الجهاز وقادته يتلقون التعليمات من مكتب الإرشاد، وأصبح الأمن الوطني يرصد تحركات المعارضين لحكم الإخوان ويراقب اجتماعات النشطاء السياسيين من شباب الثورة، والأحزاب الليبرالية والشخصيات العامة المعروفة. يشار إلى أن جهاز الأمن السياسي أنشئ في مصر عام 1913 وسمى القسم المخصوص، وتولى أمره لأول مرة اللواء سليم زكي، ثم تشكلت إدارة القلم السياسي بعد معاهدة 1936 وكان لها فرعان أحدهما بالقاهرة والآخر بالإسكندرية .
