جاء مقتل الأنبا أبفانيوس رئيس دير أبو مقار فى 27 من يوليو، بمثابة الحجر الذى حرك المياه الراكدة، فبالرغم من مطالبات على مدار السنوات الأخيرة لتصحيح أوضاع بالرهبنة إلا إنه لم يكن قد حان الوقت بعد، ورغم العديد من الهجمات التى استهدفت البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، منذ جلوسه على الكرسى المرقسى غير أن حادث القتل جاء ليعيد الكنيسة إلى ترتيب أوضاعها من الداخل، وتعد الرهبنة هى عصب الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، والتى أثرت فى العالم أجمع، كما زادت من شعبية البابا وفشل المتربصين فى الإيقاع به. أصدر البابا 12 قرارًا رهبانيًا ينظم الحياة الرهبانية منذ أسبوع، إلا إنه لم يكتف بذلك، مؤكدا أنه لا عودة إلى الوراء، مدركًا أن إصلاح حياة الرهبنة هو إصلاح للكنيسة. وما بين أديرة معترف بها وأخرى خارجة عن قانون الرهبنة، دعت اللجنة المجمعية للرهبنة وشئون الأديرة القبطية الأرثوذكسية، وعلى رأسها قداسة البابا تواضروس الثاني، الرئيس الأعلى للرهبنة القبطية، كافة الأماكن غير المعترف بها كأديرة بتصحيح أوضاعها، والخضوع لإشراف البطريركية عليها روحيًا ورهبانيًا وإداريًا وماليًا فى هدوء وسلام. مؤكدة أنه سيتم البدء فى تعمير هذه الأديرة رهبانيًا وروحيًا بطريقة صحيحة، بحسب قوانين الرهبنة المعمول بها فى الأديرة العامرة، ثم بعد ذلك الاعتراف بها كأديرة. وحذر الأديرة الخارجة، مشيرة إلى أن هناك خطوات لازمة لتصحيح الأوضاع، وهى تسجيل الأرض باسم بطريركية الأقباط الأرثوذكس، والخضوع لمن يرسله قداسة البابا للإشراف الروحى والمالى والإدارى على المكان غير المعترف به، والرجوع إلى شروط لائحة الرهبنة فى تعمير دير جديد. وأن كل من لا يقبل هذه الدعوة يعلن العصيان على الكنيسة، وأن له نية أخرى لا علاقة لها بالرهبنة، بل لأغراض شخصية منحرفة عن الطريق السليم، وسيحكم على نفسه بالتجريد من الرهبنة والكهنوت، وستكون هناك مهلة شهر من تاريخه. ولأن البابا منذ جلوسه على الكرسى المرقسي، قد أعلن أن التنظيم المؤسسى للكنيسة من أولوياته، فقد قام بعمل لوائح تنظيمية لعدد من القطاعات داخل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، كان أولها «لائحة انتخاب البطريرك»، فقد حرص على أن تكون كل القرارات التى تنظم الرهبنة من الداخل بعد الحادث خارجة عن اللجنة المجمعية للرهبنة وشئون الأديرة القبطية، وليست قرارات بابوية فردية. وكانت لجنة الرهبنة وشئون الأديرة بالمجمع المقدس برئاسة البابا، بحضور الأنبا دانيال السكرتير العام للمجمع المقدس و19 من الآباء المطارنة والأساقفة رؤساء الأديرة وأعضاء اللجنة، عقدت جلسة خاصة لمناقشة انضباط الحياة الرهبنية والديرية وأخذت 12 قرارًا. أعلنت الكنيسة القبطية أنها تعترف بأربعين ديرا وهى: 27 ديرا للرهبان و13 ديرا للراهبات و13 تحت التأسيس و12 مزرعة خاضعة لإشراف الأساقفة. والأديرة المعترف بها داخل مصر وهى: «دير الأنبا بيشوى، بوادى النطرون، ودير السيدة العذراء مريم السريان بوادى النطرون، ودير السيدة العذراء البراموس بوادى النطرون، ودير القديس مقار الكبير، بوادى، دير الأنبا بولا بالبحر الأحمر، ودير الأنبا أنطونيوس بالبحر الأحمر، ودير السيدة العذراء مريم المحرق بجبل قسقام، ودير الشهيد مارمينا بمريوط، ودير الأنبا صموئيل المعترف بجبل قلمون، ودير الأنبا شنودة رئيس المتوحدين، بسوهاج، ودير الأنبا بيجول بسوهاج، دير الملاك غبريال أبوخشبة بالفيوم، ودير مارمينا المعلق بأبنوب، ودير الشهيد مارجرجس، بالخطاطبة، ودير الأنبا توماس، بالخطاطبة، ودير السيدة العذراء مريم بأخميم، ودير الملاك ميخائيل بأخميم، ودير الأنبا موسى الأسود بالعلمين، ودير الشهيد مارجرجس، بالرزيقات، دير أبوفانا المتوحد بملوى، ودير الأنبا مكاريوس السكندرى بجبل القلالى، بالبحيرة، ودير الملاك ميخائيل بنقادة، ودير موسى النبى يسيناء، ودير الأنبا باخوميوس الشايب بالأقصر، ودير الأنبا باخوميوس بحاجر أدفو، ودير الأنبا متاؤس الفاخورى، بأسنا، ودير الشهيد ماربقطر.
