كشفت مصادر من داخل الأروقة الأزهرية، أن الإمام الأكبر أحمد الطيب شيخ الأزهر، تواصل بشكل شخصي مع الدكتور يسري جعفر، أستاذ العقيدة والفلسفة بكلية أصول الدين بالقاهرة، ووعده بالتوصل لحل ودي لأزمة إيقافه عن العمل بتهمة الترويج لفكر الإمام محمد عبده، شريطة ألا يفتعل أي مشكلات. جاء ذلك فيما نفى الدكتور أحمد زارع المتحدث الرسمي لجامعة الأزهر، تحويل «جعفر» للتحقيق وإيقافه عن العمل بتهمة الترويج لفكر الإمام محمد عبده رائد الإصلاح والتجديد الديني، إضافة إلى تبني مصطلحات ومبادئ الدكتور طه حسين، أحد أهم كتاب الأدب فى العصر المصري الحديث. لكن «جعفر»، أكد ل«البوابة» أن تحويله للتحقيق أتى على خلفية تبنى أفكار الإمام محمد عبده والدكتور طه حسين، وليس لبث كلام معادٍ للجيش أو الشرطة بحسب ما جاء على لسان لجنة التحقيق. وتابع: «أنا أستاذ فلسفة إسلامية، وهى تخصص دقيق فيه أخذٌ ورد، وطرح للآراء وغير ذلك، إلا أن هناك من حاول انتزاع بعض الكلمات أثناء الحوار أو عملية العصف الذهني وما شابه، مع أنها لا تُمثل رأيًا لي أستقر عليه، فأنا لست ملحدًا بل على العكس دائمًا ما أدعو للحفاظ على كل الثوابت الشرعية والدينية»، مضيفًا، «وُجهت لي تهم كثيرة، منها نشر أفكار إلحادية، واستخدام مصطلح التنوير الغربي وغيرهما». وأشار «جعفر» إلى أن أحد الطلاب ممن يتبنون أفكارًا متشددة قدم شكوى ضده، ذكر فيها أنه «علماني الفكر، يدعو إلى الإلحاد، وأنه ورم خبيث يجب بتره»، ما جعل الجامعة تبادر إلى وقفه 3 أشهر. من جانبه قال الدكتور عبدالفتاح العواري، عميد كلية أصول الدين بالقاهرة، أنه لا يعلم شيئًا نهائيًا عن هذا الموضوع، مضيفًا: «ارجعوا للجامعة، واسألوها، أنتم متصيدون للأخطاء».
