تعقيباً على قيام عدد من نصارى المهجر بالتعاون مع القس الأمريكى المتطرف تيرى جونز ، بنشر فيلم يسئ للإسلام العظيم ونبيه الكريم ..تحت عنوان "محاكمة محمد ". أصدرت الكنيسة القبطية اليوم الاثنين ،بياناً أعلنت فيه ادانتها ورفضها ازدراء الأديان والمساس بمشاعر المسلمين وعقائدهم ورموزهم الدينية. وقال الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك فى البيان : "إن بعض المصريين المقيمين فى دول المهجر يعملون على نشر الفرقة بين أبناء الوطن الواحد بالإساءة إلى الإسلام ونبيه الكريم". وأضاف باخوميوس أن:"الكنيسة تعلن بمنتهى الوضوح والشدة أنها ترفض وتدين الإساءة إلى الإسلام وإنها تحترم الإسلام والمسلمين وشركاء الوطن والإنسانية" . وأستكمل قائلاً :"لهذا فإن الكنيسة تعلن تبرئها من أفعال كل من يقوم بتلك الأعمال التي تنطوي على ازدراء الأديان وهو جريمة يعاقب عليها القانون ويتعارض مع الخلق المصري الأصيل وتقاليد المسيحية". هذا ولم تعلن الكنيسة الأرثوزكسية حتى الان ، عن نيتها فى اتخاذ عقاب كنيسى رادع ضد هؤلاء المتطاولون ومثيرى الفتن المنتمين لشعبها الكنسي ، فى حين لم تصدر أدانة معلنه أو يتخذ أى اجراء قانونى من قبل الحكومة المصرية ، ضد المصريين الأرثوزكس المعتدين على حرمة المقدسات الاسلامية والنبى (صلى الله عليه وسلم ) .