تحت اشراف وزارة الدولة للتعليم العالي والبحث العلمي ووزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات وفي إطار بدء نشاط جامعة النيل المتخصصة في الدراسات العليا والبحوث في المجالات التكنولوجية تقدم الجامعة بدءا من العام الدراسي القادم باقة من البرامجج الأكاديمية لنيل درجة الماجستير وذلك في مجالات إدارة التكنولوجيا، وإدارة الأعمال والاتصالات وتكنولوجيا المعلومات (هندسة البرمجيات) وذلك بالتعاون مع كبري الجامعات وأشهرها عالميا وطبقا لأعلي معايير الجودة المستخدمة في تقديم العملية التعليمية. وتبدأ الجامعة نشاطها بتقديم ثلاثة برامج وهي: - برنامج متخصص في إدارة التكنولوجيا Management of Technology (MOT) ويعد الأول من نوعه في مصر والشرق الأوسط ويتم بالتعاون مع جامعة مينسوتا University of Minnesta وهي من كبري جامعات الولاياتالمتحدةالأمريكية والبرنامج معد وفقا لمعايير الجمعية الدولية لإدارة التكنولوجيا International Association for Management of Technology (IAMOT) بجامعة ميامي University of Miami الأمريكية وبالتعاون معها. - برنامج إدارة الأعمال بالاشتراك مع الجامعة الاسبانية IESE Business School University of Navarra والتي صنفت الأولي في مجالها بين جامعات أوروبا في تقييم جريدة الفاينانشيال تاميز عدد مايو 2004. - برنامج الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات تخصص برمجيات ويعد هذا البرنامج فريدا من نوعه من حيث علاقته المتميزة بالصناعة في مجال البرمجيات وتكنولوجيا الاتصالات والمعلومات وذلك بالتعاون مع مركز تقييم واعتماد هندسة البرمجيات التابع لهيئة تنمية صناعة تكنولوجيا المعلومات. الجدير بالذكر أنه قد صدر القرار الجمهوري بإنشاء الجامعة في 15 يوليو 2006 والتي من المقرر إنشاؤها في منطقة الشيخ زايد بمدينة 6 أكتوبر وهي جامعة لا تهدف للربح حيث يتم توجيه صافي الفائض من النشاط بالكامل نحو دعم نشاط الجامعة ويأتي إنشاء هذه الجامعة التكنولوجية ضمن خطة الدولة للتنمية التكنولوجية وخاصة في مجال الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات تشرف علي تنفيذ هذه الخطة وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات حيث تهدف الجامعة إلي إنشاء قاعدة علمية وتكنولوجية متميزة تعني أساسا بالبحث التطبيقي في جميع المجالات العلمية المتقدمة من خلال شراكة وثيقة تبدأ مع الصناعة ومؤسسات الأعمال المصرية في مجال تكنولوجيا المعلومات وبالتعاون مع كبري الجامعات ومراكز الأبحاث العالمية ويشكل مجلس الجامعة من خلال المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي وهي مؤسسة لا تهدف للربح تشارك فيها وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات وشركات ومؤسسات الأعمال في مجال تكنولوجيا المعلومات وهي نموذج جديد للشراكة يتم تطبيقه بين الحكومة والقطاع الخاص.