اخبار مصر انتقد عدد من علماء الأزهر، التشكيل الجديد ل"المجلس الأعلى للشؤون الإسلامية"، معتبرين أن هناك "هيمنة إخوانية سلفية على تشكيل لجان المجلس ال"15، وتوزيع غنائم بينهما، خاصة مع استبعاد كل القامات الأزهرية، ومنهم 3 من وزراء الأوقاف السابقين، وهم الدكتور محمود حمدي زقزوق، والدكتور محمد عبدالفضيل القوصي، والدكتور عبدالله الحسيني، فضلا عن الدكتور علي جمعة، وغيرهم. وقال الدكتور أحمد عمر هاشم، عضو هيئة كبار العلماء، "إن التشكيل الجديد للمجلس كله إخواني وسلفي، وهذا أمر طبيعي لأن أمين المجلس شخصية إخوانية وحاليًا يتم أخونة كل شيء". وأضاف "هاشم" ل"الوطن": "لقد كنت رئيسًا للجنة السنة النبوية، وشرحت صحيح البخاري في 15 مجلدًا، وكتبت موسوعة للحديث، ومع ذلك تم الاستغناء عني"، لافتًا إلى أن "سياسة الإقصاء تُمارس في وزارة الأوقاف، بكل أسف. لكن ما يحدث لا يرضي الله ورسوله؛ لأنه استحواذ من فصيل واحد على كل منافذ البلد، ووضع للرجل غير المناسب وغير المتخصص في المناصب، ويتم استبعاد أهل الكفاءة والعلم منها، وهذا هو الظلم بعينه. لكن حسبنا الله ونعم الوكيل، فمصر بلد كل المصريين وليست لفصيل واحد". من جانبه، قال الدكتور أحمد كريمة، أستاذ الشريعة بالأزهر، "إن وجود الشيخ محمد عبدالمقصود، وراغب السرجاني، ونشأت أحمد، وعبدالرحمن البر، وعبدالخالق الشريف، وغيرهم من قيادات الإخوان والسلفيين في تشكيلة المجلس، يؤكد أنها مجرد عملية "توزيع غنائم" على الإخوان ومن يؤيدونهم من السلفيين والتيارات الدينية، أما الأزهر فيتم استبعاده تمامًا". وأشار "كريمة" إلى أن "المنضمين الجدد لعضوية المجلس ليسوا أهل اختصاص أو علم ديني، وإنما هم مجرد (هواة) ينقلون لمصر السلفية الوهابية وغيرها من الأفكار الوافدة على بلادنا، من أجل محاربة نهج الأزهر القائم على الوسطية والاعتدال".