وجه محمد الظواهرى أحد قيادات تنظيم الجهاد، وشقيق أيمن الظواهرى زعيم تنظيم القاعدة، رسالة إلى الرئيس محمد مرسى، قال له فيها، «إن الظلم ما زال مستمراً فى دولتك، والأمن الوطنى يتدخل فى صنع القرار، وعليك أن تتخلص من ميراث الظلم وأن تؤسس لدولة العدل التى غابت عن مصر لسنوات». وأضاف الظواهرى ل«الوطن»، «هناك 24 معتقلاً من تنظيم الجهاد لفقت لهم قضايا فى عهد الرئيس السابق دون وجه حق، ومنهم من قضى 25 عاماً فى السجون دون أن يفرج عنهم، كما أن الشيخ أحمد سلامة مبروك اتُهم فى نفس القضية التى اتهمت فيها وهى (العائدون من ألبانيا)، وحكم علىّ بالإعدام ثم استأنفت وخرجت والشيخ سلامة لايزال فى السجن بأى وجه حق يا سيادة الرئيس». وتابع، «هناك من الجماعات الإسلامية من كان متهماً فى قضايا وجرائم خطيرة وأفرج عنهم لأن لهم وساطات اقتربت من صانع القرار فاستطاعوا الخروج بعفو رئاسى، وهناك من ليس لهم وساطة أو اقتراب من الرئيس مثل الشيخ سلامة مبروك وعثمان السمان ورفاعة طه ويسرى عبدالمنعم وجمال عبدالعال ومصطفى حمزة وأحمد شعراوى وغيرهم، ما زالوا فى السجون».